1Хроматографиялық қағазға ерітінділерді сіңіру Хроматографиялық қағаздан ұзындығы 30 см етіп жолақ қиып аламыз (ені зерттелетін үлгілердің санына және хроматографиялық камераның құрылысына байланысты). Қағаздың екінші шетінен ара қашықтығы 1-2 см қара карандашпен сызық сызып алып, оның үстіне арасы 2-2,5 см етіп бірінен кейін бірі келетін төрт нүкте белгілеп алады. Осы нүктелерге шыны капиллярдың көмегімен анықтайтын ерітінділердің аздаған мөлшерін тамызады. Бір нүктеге амин қышқылдарының қоспасын тамызса, ал қалған үшеуіне бөлек-бөлек белгілі амин қышқылдарының стандарт ретінде - α-аланиннің, α-глутамин қышқылы және α-лейциннің ерітіңділері тамызылады. Әр нүктеге тамызылған 1 тамшы кепкеннен кейін 2-ші, ол кепкеннен соң 3-ші тамшыны тамызып, ауа ағынында кептіріліп отырылады.
2. Хроматографиялық камерада хроматограмманың орналасуы «Жоғары қарай жылжитын» хроматограмманы алу үшін қағаздан түтік жасап, шетін бір-біріне тиместей етіп тігеді, немесе қыстырғышпен бекітеді. Осылай түтік сияқты оралған қағазды хроматографиялық ыдысқа анықталатын және стандартты ерітінділердің тамшылары тамызылған жағына орналастырады. Ыдыстың түбіне фенолдың сумен қаныққан ерітіндісін құяды. Қағаз камераның қабырғасына тимеуі керек. Ыдыстың аузын шыны қақпақшамен тығыз етіп жауып, 35-40 °С температурада термостаттың ішіне 1,5-2 сағатқа қояды.
"Төмен карай жылжитын" хроматограмманы алу үшін, ерітінділер тамызылған қағаздың ұшын алдын-ала 0,5 см-дей етіп қайырып, ішіне фенолдың сумен қаныққан ерітіндісі құйылған арнайы қайықшаға батырып, шыны пластинкалар немесе таяқшалар арқылы бекітеді. Қағазы бар қайықшаны, ол еркін тік салбырап тұратыңдай етіп, әрі камераның қабырғасына жанаспайтындай етіп, хроматографиялық ыдыстың жоғары жағына орналастырады. Ыдыстың (камераның) аузын шыны қақпақшамен тығыз етіп жауып, дәл жоғарыда көрсетілгендей етiп, мұны да 35-40 °С температурада термостаттың ішінде 1,5-2 сағат ұстайды.
3. Хроматограмманың пайда болуы 1,5-2 сағаттай уақыт аралығында еріткіш 10-12 см-дей жерге көтеріледі. Белгілі уақыттан кейін хроматограмманы камерадан алып, оны 15 минуттай қызуы 50-80 °С кептіргіш шкафта кептіреді. Бұл фенолдан арылу үшін керек. Осыдан кейін қағаздағы хроматограмманы ашу үшін, оны 0,2 %-дық нингидриннің ацетондағы ерітіндісімен пульверизатор арқылы бүркіп шашады. Соңынан тағы да 5 минут 70-90 °С-да кептіргіш шкафта құрғатады. Міне, осы кезде оның бетінде күлгін түсті амин қышқылдарының дақтары пайда болады. Осы дақтар мен оның орналасу жағдайлары әрбір амин қышқылдары үшін әр түрлі. Зерттелетін ерітіндіден түскен дақтардың орналасу жағдайы мен стандарттан түскен дақтардың орналасу жағдайларын салыстыра отырып, зерттелетін ерітінділердің қоспасында жоғарыда тамызылған амин қышқылдарының бар, не жоқтығын анықтайды.