11-Билет Биологиялық қосымшаларға барынша сәйкес келетін «ақпарат» ұғымының анықтамасын тұжырымдаңыз
-Билет 1.Геномдық мәліметтерді сақтауға арналған GenBank дерекқоры мен жұмыс жасау жолдары
жүктеу/скачать 44,94 Kb.
|
11 20биоинформатика
| 15-Билет
1.Геномдық мәліметтерді сақтауға арналған GenBank дерекқоры мен жұмыс жасау жолдары 2.Ақпаратты индекстеу принциптері. Метадеректер 3.Ген экспрессиясын талдау 1.Геномдық мәліметтерді сақтауға арналған GenBank дерекқоры мен жұмыс жасау жолдары GenBank мәліметтер базасы US National Centre for Biotechnological Information (NCBI) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ) қолдауымен жүзеге асырылып отыр. Бұл вебсервер оларды басқа мәліметтер базаларымен және ресурстарымен, соның ішінде Ұлттық медицина кітапханасымен (National Library of Medicinе) байланыстырады. Бұл сервер кәсіби түрде жасалынғандықтан ондағы қызмет көрсету де кәсіби түрде жүргізіледі. Сервердегі барлық мәліметтер толықтай тегін. Бұл ғаламтордағы биоинформатика туралы мәліметтерді іздеуді бастау үшін ең жақсы орын. а) Веб-браузерде https://www.ncbi.nlm.nih.gov/search/ сілтемесін ашыңыз. Сілтеме арқылы тек бір бөлімді қолданатындығымызға қарамастан, сервердің қандай кең ауқымды екенін түсіну қиын емес және оның бастапқы бетімен танысу үшін бірнеше минут қажет болады. б) Жоғарыда көрсетілген сілтеме арқылы сіз Entrez парағына өтесіз. Бұл бетте сіз бір уақытта бірнеше мәліметтер базасын іздей аласыз. Тексеріп көру үшін біз энергия өндіруде маңызды рөл атқаратын isocitrate dehydrogenase ферментіне іздейміз. Біз ішек бактериясында аталған ақуызды кодтайтын генді іздейтін боламыз. Содан соң бактериялардың ақуызын және соған сәйкес сүтқоректілердің ақуызын салыстырамыз. с) Іздеу өрісіне isocitrate dehydrogenase деп теріп, Go пернесін басыңыз. Нәтижесінде бірнеше мәліметтер базасындағы жазбалар шығады. Бізді Nucleotide (DNA и RNA), Genome (ағзалардың бүтін хромосомалары) және Structure (үш өлшемді ақуыз құрылымдары) дерекқорларындағы мәліметтер қызықтырады. Нуклеотидтер тізбегін алу а) Nucleotide нәтижесін тауып, таңдаңыз: сіз жүздеген нәтижелер бірінші бетін көресіз.Енді бұл тізімді қандай да бір жолмен жұмыс істеуге ыңғайлы мөлшерге дейін қысқартуымыз керек. Ол үшін: б) Limits сілтемесін басыңыз. Сіз іздеуді шектеу үшін көптеген нұсқалардың ішінен өзіңізге керектіні таңдап алуға мүмкіндік беретін бетке апарыласыз. в) Ашылған Search field tags мәзірінен Title таңдап, Search батырмасын басыңыз. Сіз нәтижелер бетіне қайта ораласып және нәтижелер саны айтарлықтай азайғанын көресіз. Алайда біз тек іздеуді тек ішек таяқшасымен (E. coli) шектемекпіз. Сондықтан: г) Іздеу өрісіне "isocitrate dehydrogenase" жазуынан кейін «and E coli» деп жазыіыз; д) Search батырмасын басыңыз. Сіз іздеу парағында тек екі нәтижені көресіз. Екіншісі біз іздеген нәтиже болып табылады. е) J02799 нөмірін таңдаңыз. Сіз GenBank стандартты бетінің құжаттамасына және сілтемелеріне, содан кейін қажетті ДНҚ тізбегіне өтесіз. Біз бұл сілтемелерге кейінірек ораламыз, бірақ алдымен файлды бағдарламаларда қолдануға болатындығына көз жеткізу үшін оның мәтіні дұрыс екендігіне көз жеткізуіміз керек. ж) Sent To батырмасымен басталатын ашылмалы мәзірден Text опциясын таңдаңыз. з) Браузердің File мәзірінен Save пәрменін таңдап, парақты J02799.gbk атымен сақтаңыз. Бұл файлда тек ASCII мәтіні болғанымен, Unix форматында сақталады. Жолдың соңын білдіретін ASCII таңбасы Unix, PC және Mac-платформаларында әр түрлі. и) Бірінші жол бізге дәйектіліктің ұзындығы 1568 bp (базалық жұптар), ал тізбектің ДНҚ екенін көрсетеді. к) FEATURES кейінгі жолдарды қарасаңыз, сіз CD дискілерді көресіз. Бұл кодтау реттілігінің орны және геннің нуклеотидтерінің 291-1541 белокқа айналатын бөлігін қамтиды. жүктеу/скачать 44,94 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|