Кез келген технологиялық системаның құрамы: биотехнологиялық агент, субстрат, технологиялық режим, процесті жүзеге асыратын аппараттар жəне өнім.
Биотехнологиялық системаның биологиялық агенті – клетка (прокариот, эукариот) немесе вирустық бөлшек болуы мүмкін. Субстрат – клеткаларды култьтивирлеуге қажетті қоректік орта болып табылады, өнім – қажетті өңдеуден өткен соң тауарлық күйге енетін – клеткалар, вирустар биомассасы немесе клеткалармен синтезделетін зат.