Хлоропластағы пигменттер жүйесі екі негізгі топқа бөлінеді: 1. Тетрапирролдар: хлорофилдер – магний порфириндер; фикобилиндер;
2. Полиизопреноид тектес пигменттер – каротиноидтар. Бұл топтардың әр қайсысының құрамына көптеген, химиялық, физикалық қасиеттері бір – біріне ұқсай бермейтін жеке пигменттер енеді.
Хлорофилдер. Фотосинтез процесіне тікелей қатысатын пигменттерге хлорофилдер жатады. Бұл топтың қазіргі кезде оншақты түрі болатындығы анықталды. Фотосинтездік қабілеті бар организмдердің хлоропластарында міндетті түрде а – хлорофилл болады. Жоғары сатыдағы өсімдіктерде тағы да в – хлорофилл, қоңыр, диатом балдырларда қосымша с – хлорофилл, қызыл балдырларда д – хлорофилл кездеседі. Фотосинтездеуші бактериялардың барлығына бактериохлорофилл пигменті тән. Қара – қошқыл балдырларда оның а және в түрлері, жасыл балдырларда қосымша с және д түрлері бар. Пиррол сақиналарындағы азот атомдары төрт үйлестіргіш байланыс арқылы тұтасады. Порфириндік құрылымға бесінші болып циклопентан сақинасы жалғасқан. Тетрапиррол және циклопентан сақиналарынан құралған – хлорофилл молекуласының негізгі бөлігі форбин деп аталады. Төртінші пиррол сақинасының жанама тізбегіндегі пропион қышқылы күрделі эфирлі байланыс арқылы фитол спиртімен жалғасқан. Хлорофилл молекуласындағы тетрапирролдық циклдің сырт жағындағы көміртек молекуласындағы тетрапирролдық циклдің сырт жағындағы көміртек атомдары 1 – 10 сандарымен белгіленеді. Сол атомдардың 1, 3, 5, және 8 – леріне метил топтары, екіншісіне – винил, төртіншісіне – этил топтары жалғасқан. Химиялық тегі жағынан қарағанда хлорофилдер дикарбонды, қосымша метил және фитол спирті бар, хлорофиллин қышқылының күрделі эфирі.
Жоғары сатыдағы өсімдіктер мен балдырларда болатын в хлорофилдің а хлорофилден айырмашылығы ІІ – пиррол сақинасындағы метил тобы альдегид тобымен ауысқандығында. Қызыл балдырларда кездесетін д хлорофилдің бірінші пиррол сақинасында – СН – СН – тобының орнына альдегид тобы орналасқан. Фотосинтездеуші бактериялардағы негізгі пигмент – бактериохлорофилдің а хлорофилге қарағанда тотықсызданғандық деңгейі жоғарылау, бірінші пиррол сақинасында винил тобы ацил тобымен ауысқан. Хлорофилдердің порфириндік ядросы құрылысы жағынан кейбір негізгі тыныс алу ферменттерінің ырықты топтарына ұқсас. Бұл ферменттердің де құрылымындағы негізгі бөлігі – порфирин төрт пирролдық сақиналардан тұрады, тек орталығындағы магнийдің орнына темір енген.
Хлорофилл молекуласында көміртегі мен азот атомдарының өзара үйлесімді, кезектескен жалпы және қос байланыстардың нәтижесінде 18 мүшелі уақытша жүйе пайда болады. Осы тұйықталған жүйенің – хромофорлық топтың құрамында жарық әсерінен оңай қозатын, тотығу – тотықсыздану реакцияларына қатысатын көптеген электрондар болады.
Осы химялық құрылымның абсорбциялық қасиеттерін сипаттауда мына жағдайлар маңызды орын алады:
1) шығу тегі қандай атомнан екендігі белгісіз, тұтасқан жүйеге түгел қатысы бар – электрондар алаңының болуы. Осының нәтижесінде 18 – электроны бар шашыраңқы электрондар алаңы пайда болады; электрондар осы тұтасқан тізбекте айналымды қозғалыста болып, құрылымның тұрақтылығын қамтамасыз етеді.
2) осы жүйеде тармақтанған және қосымша байланыстар бар. Олар сақиналық және шеңберлік байланыстар деп бөлінеді.
Хлорофилл молекуласындағы магний атомы оның біраз маңызды физикалық – химиялық қасиеттерін анықтайды. Магнийдің тетрапирролдық құрылымға енуі хлорофилдің спектрлік қасиеттерін біраз өзгертеді. Магнийдің әсері пиррол сақиналарындағы азот атомдары арқылы жүзеге асады. Порфирин құрылымындағы азот атомдарының мәні біркелкі емес: олардың екеуі үшінші азот, қалған екеуі иминдік азот деп аталады.