4. Бөлінуі Қарахан мемлекеті шекаралары тұрақты, толып жатқан еншіліктерге бөлінетін. Еншілік иелерінің құқтары зор болатын. Олар өз атыментеңгелер шығаруға дейін, кейде тіпті лауазымдарын өзгерте алатын. 11 ғ. 30 жж. соңында Ибрахим ибн Насырдың тұсында мемлекет екіге бөлінеді:
біріншісі, орталығы Бұқарда болған, қарауына Ходжентке дейінгі Мәуереннахрды қосып алған Батыс хандығы, екіншісі — қарамағына Тараз, Исфиджаб, Шаш, Ферғана, Жетісу мен Қашғар кіретін Шығыс хандығы. Оның астанасы Баласағұнқаласы. Осымен Қарахан мемлекетінің еншіліктерге бөлінуі заңды түрде бекітілді.
Арслан хан кезіңде қарахан мемлекеті одан сайін бөлініп кетеді: әрбір еншілік өз тәуелсіздігін құру үшін таласады. 1056 ж. Қадыр ханның ұлы Йинал-тегін өкімет мұралығы жолындағы күресте інісі Сүлейменнің иелігін басып алады. Бірақ ұзамай ол у беріліп өлтіріледі. Тәж-таққа Йинал-тегіннің баласы Ибрахим ие болады, бірақ ол да біраздан кейін Барыс хан әміршісімен болған соғыста қаза табады.
Осыдан кейін Шығыс қағанатын 15 жыл бойы (1059—1074) Қадыр ханның балалары Юсуф Тоғрул хан мен Боғра хан Харунбасқарады. Олардың тұсында Ферғана Шығыс қағанатқа күшпен қосылады. Екі қағанат арасындағы шекара Сырдарияны бойлай өтеді.
Тоғрұл қайтыс болғаннан кейін оның еншілігі Боғра хан Харунның (1075—1102) — Қашғар,Баласағұн мен Хотан қожасының қол астына көшеді. 1089 ж. бастап ол Салжық сұлтаныМәлікшахтың кіріптар вассалына айналады.
1102 ж. Боғра хан қайтыс болғаннан кейін, көп ұзамай Мәуереннахрға Баласағұн мен Таластың иесі Қадыр хан Жабраил шабуыл жасап, Амударияға дейінгі жердің бәрін басып алады, тіпті Салжықтардан Термезді тартып алмақшы болады, бірақ олардан жеңіліп қалады. Сұлтан Санжардың басқаруы кезінде (1118—1157) салжықтар Мәуереннахрда шексіз билігін жүргізеді, бірақ бұл кезде Қарахан әулетінің саяси құлдырауының белгісі біліне бастады. Бұған бас себебі — Қарақытай мемлекетіінің құрылуы және оның жүргізген сыртқы әскери саясаты болып табылады.
5. Ыдырауы Үлесті жүйеде негізі қаланған Қарахан мемлекеті шығыс және батыс иеліктерінен тұрды. Жетісу мен Шығыс Түркістан шығыс иелігіне,Мауараннахр батыс иелігіне кірді; шығыс иелігінің саяси орталығы Баласағұнға жақын мандата Орда (Қара Орда, Күз Орда), содан соң Қашғар, батыс иелігінің орталығы Үзкент, кейінірек Самарқан болды. Екі иелік бертін келе жеке-жеке мемлекетке — Шығыс және Батыс қағанаттарына бөлінді. Жетісу мен Шығыс Түркістанды XI ғасырдың басында Туған-хан билеп тұрды. Онымен Боғра-ханХарунның баласы Қадыр-хан Жүсіп бәсекелес болды (араб тіліндегі кейбір деректемелерде Қадыр-хан Хотанды иеленді деп көрсетілген). 1005 жылы Қадыр-хан Жүсіп Қашғардан Туған-ханды тықсырып, қаланы қаратып алды.
12 ғ. екінші жартысында қарақытайлар Батыс қағандығына қауіп төндіре бастайды. 1141 ж. Қарахан — Салжықтың әскерін талқандағаннан кейін Қарахандар мемлекеті екі хандығының билігі де қарақытайлар қолына көшеді.
1210 ж. шығыс Қарахандар әулеті наймандармен соғыста жеңіледі. Ал 1212 ж. Хорезм шах Мұхаммед батыс қағанаттың соңғы қағаны самарқандық Османды өлтіреді, ұзамай Қарахандардың Ферғана тармағы да жоқ болады. Қарахан әулетінің мемлекеті тарихы осылай аяқталды.[5]