Е. Бекмахановтың ғылыми мұрасы оның тақырыптарының алуан түрлі болуымен, тарихи мәселелерді кең қамтуымен және оларды байыпты шешуімен ерекшеленді. Оның еңбегінің бастысы 1947 жылы Алматыда орыс тілінде жарық көрген «XIX ғасырдың 20-40 жылдарындағы Қазақстан» атты монографиясы болды. Осы тақырыпта 1946 жылы Мәскеуде тарих мамандығы бойынша докторлық диссертация қорғаған. 1947 жылы Алматыда «ХІХ ғасырдың 20-40 жылдарындағы Қазақстан» деген атпен орыс тілінде жеке монография түрінде жарық көрді. Асыра сілтеу, бурмалау жөне күдікшілдік бел алған осы тұста бұл еңбекке пікір айтушылардың кейбіреулері оны Кенесары Қасымұлы бастаған қозғалыстың тарихын ақтау тұрғысынан көрсеткен еңбек деп бағалап, оны буржуазияшыл-ұлтшыл идеологияны дөріптеуші деген саяси кінәға ұшыратты. Ермахан Бекмаханов бірақ айтқанынан қайтпады. Халқы үшін жан аямай күрескен Кенесары Қасымовтың батыр екенін дәлелдеген, оның кітабын да, өзін де қызыл империя аямай жазалады. 1947- 1950 жылдарда Е. Бекмахановтың жағдайы өте ауыр болды, күн өткен сайын оған тиген моральдық соққының салмағы арта берді. Ермұхан Бекмахановты қаралау кампаниясы Тілеуқажы Жанайұлы Шойынбаев, Хадиша Гилимқызы Айдарова және А.Ф. Якунинің қол қойған КСРО-ның басты газеті – «Правда» газетіндегі 1951 мақаладан басталады. 1951 жылы университеттеғі жұмысынан қуылып, партия қатарынан шығарылды. Ол біраз уақыт Алматы облысы, Нарынқол ауданында мектепте тарих пәнінен сабақ берді, көп кешікпей Жамбыл облысы, Шу ауданындағы Новотроицк селосындағы мектепке мүғалім болып орналасты. Осы жерде 1952 жылы 5 қыркүйекте тұтқындалды. Екі айға жуық тергеу жүмыстары жүргізіліп, 1952 жылдың 3 қарашасында № 699 іс бойынша Е. Бекмахановты айыптау қорытындысы дайын болды. Ермаханның жары Халима Бекмаханованың естелігінен: «Тергеу үш айға созылды. Тергеудің өн бойында қорқыту мен қоқан-лоққы қатар жүрді. Сот 1952 жылдың 2 желтоқсанында болды. Жоғарғы Соттың ғимараты Гоголь мен 8-ші март көшелерінің бұрышында болатын. Ермұқанды 4 солдат айдап алып келді. Ол маған жақындамақшы болған, мен де ұмтылдым, бірақ бізді айырып жіберді. Соттың үш күнінде көптеген куәлар келіп, кетіп жатты. 4 желтоқсанда үкімді жария еткен кезде менің қатысуыма рұқсат берді. Көз жасы еріксіз сорғалаған Ермахан маған қарады да отырды. Үкімді естігенде жылап жіберді. Мұндай әділетсіз, қатал үкімге қалай жыламассың! Онда: «…айыпталушы Бекмаханов өзінің тарих ғылымы саласындағы ғылыми қызметкер жағдайын пайдаланып 1942-1951 жылдардың өне бойында өз жұмыстарында тарихи фактілерді өңін айналдырып бұрмалаған, сөйлеген сөздерінде буржуазиялық-ұлтшылдық идеологияны насихаттаған, феодалдық-байлық құрылыс пен оның орыс халқына қарсы күресуші һәм Қазақстанда орта ғасырлық тәртіптерді сақтап қалуға ұмтылушы кертартпа хандары мен сұлтандарын мадақтаған. Ол өзінің буржуазиялық-ұлтшылдық көзқарастарын негіздеу үшін кертартпа ақындардың, сондай-ақ Кеңес өкіметіне қарсы күрескен халық жаулары – алашордашылардың шығармаларын пайдаланды. Нақ осы ұлтшылдық идеологияны таныстарының арасында да жүргізді», – деп жазылып, сот тергеуі осыларды анықтағанын және айыпталушы Бекмахановтың мойнына қойылғанын айтады». Жоғарыдағы айыптау негізінде 1952 жылы 2 желтоқсан күні Қазақ КСР Жоғарғы Сотының Қылмысты істер жөніндегі коллегиясының үкімімен Е. Бекмаханов 25 жыл мерзімге бас бостандығынан айырылып, ГУЛАГ-тың алыстағы лагерінің біріне айдалды. Ол кісінің лагерьден тиісті органдарға жазған көптеген арыздарының нәтижесінде, академик, қоғам қайраткері Анна Михайловна Панкратова сияқты қайырымды адамдардың көмегінің арқасында Берия атылғаннан кейін Е. Бекмахановтың ісі қайта қаралып, 1954 жылы 16 ақпанда оның ісі жабылып, өзі ақталып шықты. ГУЛАГ-тың лагеріндегі адам төзгісіз азапты күндерді басынан кешкеніне қарамастан, қайсар ғалым, артына халықтың игілігіне айналған мол ғылыми мұраларын қалдырды. Өзі ұсталып кеткенге дейін бастап қойған «Қазақстанның Ресейге қосылуы» атты еңбегін аяқтау ісімен айналысты. Бұл еңбегі Мәскеудегі «Наука» баспасынан 30 баспа табақ көлемінде 1957 жылы жарық көрді. Е. Бекмаханов өзінің жемісті еңбегіне сай ғылым мен қоғамдағы орнын қайтадан алды. Оған университеттегі өзі ұйымдастырған кафедрасы қайтарылып берілді. 1964 жылы Қазақ КСР Ғылым академиясының мүше-корреспонденті болып сайланды. Өмірінің соңғы он жылында өнімді еңбек етіп, терең мазмұнды ғылыми шығармалар жазды, орта мектептер үшін Қазақ КСР тарихының оқулығын жазды. Шәкірттері бүгінде Республика Ғылым академиясының мүшесі, ғылым докторы, профессор дәрежелеріне жетіп, ұстаздарының ғылыми өмірін жалғастыруда. Қазақстан төуелсіздік алғаннан кейін Е. Бекмахановтың басты еңбегі — «XIX ғасырдың 20-40 жылдарындағы Қазақстан» ақталып, орыс жөне қазақ тілдеріндегі нұсқалары «Қазақ университеті» (қазіргі «Санат») баспасынан жарық көрді. Сібірде айдауда өткізген жылдары Ермұханның денсаулығына өз әсерін тигізбей қоймады. 1966 жылы өзінің емдеуші дәрігерінің табанды кеңесімен Министрлер Кеңесінің ауруханасына жатады. Алайда Ермахан өкпе ісігінің соңғы кезеңінде еді. Сонымен қоса, астма ауруы да асқынып кеткен болатын. Сөйтіп 1966 жылдың 6 мамырында Ермахан Бекмаханов дүниеден озды. Ғалыммен қоштасу рәсімі бір күннен кейін болды. Кандидаттың және докторлық диссертациясының тақырыбын Кенесарыға арнаған Ермұханның жаназасына ғалым, геология-минереология ғылымдарының докторы, Кенесарының ұрпағы Нәтай Әзімханұлы Кенесарин арнайы Ташкенттен келіп, қаралы жиында сөз сөйлеп, өзінің досын ақтық сапарға шығарып салды. Ермахан Бекмаханов Алматы қаласының Мұхтар Әуезов, Қаныш Сәтбаев, Ахмет Жұбанов жерленген Орталық зиратына жерленді.