Бағаналы жасушаларды қолданудағы туындайтын мәселелер.
Эмбриондық бағаналы жасушалар даму барысында кез келген жасуша түріне маманданып, өзгере алады;
Эмбриондық бағаналы жасушалар шексіз көбейе алады және де олар ересек ағзаның арнайы химиялық командаларын ұғынып, қабылдай алмайды, себебі ол командаларды беретін бластоцистада ондай құрылғы жоқ;
Ағзаға бұндай жасушаларды енгізу түрлі қатерлі ісік ауруларына немесе тератомалардың пайда болуына әкеп соқтырады;
Трансплантациядағы бағаналы жасушаларды қолданудағы басты мәселе, олардың реципиент жасушалармен иммундық сәйкестікте болу-болмауы;
«Клон»: история благозвучного научного термина. Урсула Миттвох (англ.)Грин, MR; Сэмбрук, Дж. (2012). Молекулярное клонирование: Лабораторное руководство Архивная копия от 21 февраля 2014 г. на Wayback Machine (четвертое издание), Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк: Лабораторное издательство Колд-Спринг-Харбор ISBN