Жүйке жүйесін зерттеудің морфологиялық әдістері мыналарды қамтиды.
1. нейрогистологиялық әдістер.Арнайы технологиялардың көмегімен тіндік кесінділер жасалып, олар түрлі бояулармен боялады. Жүйке құрылымдарын зерттеу үшін микроскопиялық жарық пен люминесценттік әдіс қолданылады.
2. Электрондық микроскопия.Ол үшін ультра жіңішке кесінділер жасалып, арнайы әдістермен боялады және жүйке жасушаларының құрамдас бөліктері мен жасушаішілік құрылымдар жоғары ұлғайту кезінде зерттеледі.
3. Конфокальды лазерлік сканерлеу микроскопиясы.Бұл әдіс лазер сәулесінің фокусында флуоресценцияны анықтауға негізделген, бұл кейбір құрылымдардың, соның ішінде жеке нейрондардың үш өлшемді реконструкциясын жасауға мүмкіндік береді.
4. Жасуша мәдениетін зерттеу.Жасанды қоректік орталарда жүйке жасушаларының бір немесе бірнеше популяциясы өсіріледі. Мидың аман қалған ұлпалары мен жасуша дақылдары әртүрлі тіндік гормондарды пайдалана отырып, белгілі бір заттардың арақатынасын өзгерте отырып, арнайы орталарда өсіріледі. Бұл зерттеу жеке жүйке жасушаларының және олардың процестерінің құрылымы мен қызметінің механизмдерін, олардың глиальды және тамырлық ортасының маңызын және т.б.
5. Нейрогистохимиялық әдістер.Олар желкек пероксидазасы, люцифер сары және т.б. сияқты арнайы маркерлерді қолдануға негізделген.Мысалы, жасанды енгізуден кейін желкек пероксидазасы нейрондық процестермен белсенді түрде сіңеді және жасуша денесіне тасымалданады. Бұл зерттелетін құрылымдардың нейронаралық байланыстарын орнатуға мүмкіндік береді.
6. Радиоавтография.Радиоактивті белгіні қолдану арқылы оның нейрондық құрылымдағы қозғалысы in vivo байқалады. Белгі әртүрлі заттармен (глюкоза, амин қышқылдары, нуклеотидтер, олигопептидтер және т.б.) байланысты болуы мүмкін. Нейрондардың денелері радиоактивті заттарды сіңіреді және оны аксондары бойымен тасымалдайды. Бұл әдіс жүйке құрылымдарының локализациясын ғана емес, сонымен қатар олардың белсенділігін де анықтайды.
7. Моноклональды антиденелерді қолдану.Бұл әдіс нейрондардың қатаң анықталған топтарын олар түзетін медиатор арқылы анықтауға мүмкіндік береді. Антиген-антидене реакциясының дамуы нәтижесінде жасуша өлу кезіндегі жүйке тінінің күйін түзетуге және сол арқылы мидың интравитальді ұйымы туралы түсінік қалыптастыруға болады.
