Ш.Уалиханов атындағы Көкшетау университеті» КеАҚ – ең беделді мамандықтар бойынша мамандар даярлайтын Солтүстік Қазақстандағы жетекші білім және ғылым орталықтарының бірі. Студенттерді басқарудың және оқу үдерісіне қолдаудың ішкі жүйелерін қамтитын оқытудың автоматтандырылған жүйесі енгізілді.
1962 жылы 25 шілдеде КСРО Министрлер Кеңесінің №563 қаулысымен Көкшетау педагогикалық институты ашылды. Бұл тың және тыңайған жерлерді игеру жылдары болды: облыстың ауылдық жерлерінің халқы өсті, жаңа совхоздар құрылды, ескілері қайта құрылды. Жыл сайын тың игерудің басталуымен сегізжылдық және орта мектептер көбейе бастады, мұғалімдердің жетіспеушілігі пайда болды.
Иван Степанович, тарих ғылымдарының кандидаты, доцент Горохводацкий институт ректоры болып тағайындалды. Университетте «орыс тілі, әдебиет және тарих», «қазақ мектептеріне арналған орыс тілі мен әдебиеті», «физика және математика» мамандықтары бойынша кадрлар даярлайтын бір ғана біріккен факультет – филология, физика және математика болды. 1963 жылдың тамызында физика, математика және филология факультеті дербес жұмыс жасай бастады. Қазақ КСР Министрлер Кеңесінің 1965 жылғы 29 наурыздағы №241 қаулысымен Көкшетау педагогикалық институтына қазақтан шыққан тұңғыш ғалым-ағартушы Шоқан Шыңғысұлы Уәлихановтың есімі берілді. 1966 жылы шетел тілдері факультеті ашылды.
1972 жылы зейнеткерлікке шығуына байланысты И.С. Көкшетау педагогикалық институтының ректоры филология ғылымдарының кандидаты, доцент Боярский Евгений Иванович болып тағайындалды, одан кейін ф.ғ.к., доцент К.Д.Жуламановтың оқу, ғылыми және тәрбие жұмысы жөніндегі проректоры болып тағайындалды. 1984 жылдың қаңтарында 2000 студентке арналған жаңа оқу-зертханалық ғимарат пайдалануға берілді, бұл қазақ және орыс тілдерінде бітіруші мамандықтардың санын арттыруға мүмкіндік берді. Жаңа мамандықтар ашылды: қазақ тілі мен әдебиеті (1982), химия, биология (1984), бейнелеу өнері және сызу (1985), информатика; жаңа факультеттер ұйымдастырылды: химиялық және биологиялық (1985), директорлардың біліктілігін арттыру факультеті (1979). Студенттер саны 400 -ден 2500 -ге дейін өсті.
1990 жылы философия ғылымдарының кандидаты, доцент Қуандық Досмағанбетұлы Жоламанов Ш.Уәлиханов атындағы Көкшетау педагогикалық институтының ректоры болып сайланды, бірақ 1992 жылы денсаулығына байланысты қызметінен кетуге мәжбүр болды. Ш.Уәлиханов атындағы Көкшетау педагогикалық институтының ректоры 1992 жылы физика-математика ғылымдарының докторы, профессор Абай Ахметғалиұлы Айтмұхамбетов болып тағайындалды.
Педагогикалық кадрларды даярлаумен қатар, аймақ дамушы өнеркәсіп пен құрылыс үшін инженерлер дайындады. 1963 жылы Көкшетауда Павлодар индустриалды институтының жалпы техникалық факультеті құрылды, оның бірінші директоры инженер Михаил Федорович Рысиков болды. 1972 жылы Павлодар индустриалды институтының жалпы техникалық факультеті Қарағанды политехникалық институтына ауыстырылды. 1987 жылы 1000 орындық жаңа оқу корпусы пайдалануға берілді. Оқу кешкі формада «Өнеркәсіптік және азаматтық құрылыс», «Машина жасау технологиясы», «Автомобильдер мен автомобиль өнеркәсібі» мамандықтары бойынша жүргізілді. «Радиотехника» мамандығы 1988 жылы ашылды.
1990 жылдан бастап факультетте сырттай бөлім ашылды, ал 1991 жылы «Құрылыстағы экономика және менеджмент» және «Машина жасау технологиясы» мамандықтары бойынша күндізгі оқу бөліміне студенттерді қабылдау бірінші рет жүзеге асырылады. Тау-кен компанияларының қолдауымен «Ашық тау-кен ісі» мамандығы ашылды. Жалпы техникалық факультет негізінде 1993 жылы Қарағанды политехникалық институтының Көкшетау филиалы ұйымдастырылды. Директор болып п.ғ.к., доцент К.А.Айтқожин тағайындалды. 1995 жылы күндізгі бөлімде оқитын студенттердің бірінші бітіруі өтті.
1979 жылы 1 тамызда Кокчетавта Целиноград ауылшаруашылық институтының филиалы ашылды, онда «Агрономия», «Зоотехника», 1980 жылы «Ауыл шаруашылығын механикаландыру» мамандықтары бойынша кадрлар даярлау басталды. Филиалдың бірінші директоры – ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты, доцент Исатай Ғалиұлы Темрешев. Филиал құрамына 3 факультет кірді.
1985 жылдың қыркүйегінде филиалды экономика ғылымдарының докторы, профессор Бақыт Ғазизұлы Жүнісов басқарды.
1991 жылы 9 қаңтарда КСРО Госагропромының бұйрығымен филиал Көкшетау ауылшаруашылық институты болып қайта құрылды, ректор болып Б.Г.Жунусов тағайындалды.
Университеттің материалдық және ғылыми-техникалық базасы қалыптасқан. Электрондық баспа техникасы, машина-трактор оқу паркі, дәнекерлеу және жөндеу шеберханалары, жастар орталығы, студенттердің жаздық спорттық-сауықтыру кешені, кітапхана, дәрігерлік орталық, «Арасан» сауықтыру кешені жұмыс істейді. Униветситет жанында гимназия және лицей, магистратура, аспирантура, кәсіптік мамандық бойынша оқытуға маманданған оқу орталығы жұмыс істейді. Университетте оқулықтар, ғылыми еңбектер, монографиялар, «Алау» газеті шығарылады, республикалық және халықаралық конференциялар, «Уәлиханов оқулары» өткізіледі. Ресей, Египет, Польша, АҚШ, Канада, Германия ғылыми орталықтарымен байланыстар орнатылған. Агро-техникалық және экономикалық мамандықтар бойынша Еуропалық Одақ ұйымының «Тасис» және «Темпус» бағдарламаларына қатысады. Университетте спорттық үйірмелер, көркемөнерпаздар шығармашылық ұйымы жұмыс істейді. Университет спортшылары боксшы Р.Б. Мусинов 2-Азия ойындарының күміс жүлдегері, Қазақстан Республикасының бірнеше дүркін чемпионы; жеңіл атлет А.В. Князев – Қазақстан Республикасының чемпионы.