Дұрыс емес жоспарлау: Егер дұрыс жоспарланбаған болса, экотуристік қызметті бастау зиянды әсер етуі мүмкін. Барлық ықтимал кемшіліктер қоршаған ортаға тікелей әсер етеді, демек, қоршаған ортаның нашарлауына әкеледі.
Нашар жоспарланған экотуризм қызметінің кейбір кемшіліктері мыналар: мен. Шамадан тыс құрылыстар
ii. Тіршілік ортасының ластануы
iii. Туристердің шектеусіз саны
iv. Кептеліс
v. Жаяу жолдың эрозиясы және топырақтың жоғалуы
vi. Туристер шын мәнінде экотуризмнің не екенін түсінбейді және оған мән бермейді
vii. Қоршаған орта туристерді тарту үшін жем ретінде пайдаланылатын жасыл жуу ретінде сын
Қоршаған ортаға тікелей әсер ету: Экотуризм операциялары кейде табиғатты қорғау идеяларына сәйкес келмейді. Кейде экотуризмнің тұтынушыға бағытталған қызмет түрі және қоршаған ортаны сақтау одан әрі экономикалық өсудің құралы екені ескерілмейді. Экотуризм шағын топтарға арналған болса да, халық санының шамалы өсуі уақытша болса да, жергілікті қоршаған ортаға қосымша қысым жасайды және қосымша инфрақұрылым мен қолайлы жағдайларды дамытуды қажет етеді.
Жергілікті халықтардың мәдениетіне қауіп төндіретін тағы бір жағымсыз әсер: Экотуризм көбінесе жергілікті мәдениеттерді сақтайды және жақсартады деп мәлімдейді. Дегенмен, көптеген аймақтарда ерекше қорғалатын табиғи аумақтардың салынуымен жергілікті тұрғындардың үйлерінен заңсыз айырылғанын және көбінесе өтемақысыз қалғанын дәлелдеді.
Адамдарды климаты қатал, топырағы нашар, суы жоқ, мал мен ауру жұқтырған маргиналды жерлерге итермелеу, тіпті экотуризмнен түскен пайданың бір бөлігі қоғамдастыққа қайта бағытталса да, өмір сүруді жақсартпайды. Саябақтар құру өмір сүрудің қатал шындықтарын тудырып, халықты жер мен табиғи ресурстарды дәстүрлі пайдаланудан айыруы мүмкін.
Дұрыс емес басқару: Әдетте үкіметтерге қоршаған ортаны қорғауды басқару және орындау жүктелгенімен, олар көбінесе экотуризм алаңдарын тиімді басқаруға міндеттеме немесе мүмкіндік бермейді. Қоршаған ортаны қорғау ережелері анық емес, жүзеге асырылуы қымбат, орындалуы қиын және тиімділігі белгісіз болуы мүмкін.
