1-тақырып. Биологиялық химияға кіріспе. Биологиялық химияның даму кезеңдері. Биологиялық химияның қол жеткізген табыстары
Белок молекуласындағы байланыстар. Белок молекуласындағы N және С соңғы амин
жүктеу/скачать 404,08 Kb. Pdf көрінісі
|
| Белок молекуласындағы байланыстар. Белок молекуласындағы N және С соңғы амин
қышқылдарын анықтау. Егер белок молекуласы бірнеше полипептидтік тізбектен құралған болса, олардың арсасындағы байланыс түрлері мына төмендегідей болуы мүмкін: 1.Ковалентті дисульфидтті байланыс – S-S- Бұл байланыс белок молекуласындағы әртүрлі екі полипептидті жалғастырады немесе бір полипептидтің екі бөлігін жалғастырып, цистидин қалдығын түзеді. 2.Сутектік байланыс. Егер теріс электр зарядты екі атомның біреуі сутегі атомымен байланысқан болса, сол екі атомның арасында сутектік байланыс қалыптасады. Мысалы, сутегінің атомы оттегінің немесе азоттың атомымен байланысқан болса онда оттегі атомының теріс электр зарядының күштілігі салдарынан байланыс электрондары оттегі атомына немесе азот атомына қарай ығысады. 3.Өзара гидрофобтық әрекеттесу. Мұндай өзара әрекеттесу амин қышқылдарындағы полярсыз бүйірлік топтарының өзара тартылысынан болады. Ондай топтар полипептидтік тізбектер арасында суды ығыстырып шығару нәтежиесінде қалыптасады. 4.Иондық немесе тұз тәріздес байланыстар. Мұндай байланыстар екі түрлі түрлі зарядталғанекі ион өте жақындасқан кезде пайда болады. Бұл – аспарагин, глутамин қышқылдары мен лизин, аргинин, гистидиннің қышқылдық және негіздік топтарының арасындағы өзара электрстатикалық әрекеттесу күші. Белок құрылымын зерттеуде N және С соңғы амин қышқылдарын білудің айтарлықтай маңызы бар. Амин қышқылдары молінің саны бойынша оның молекуласындағы полипептидтердің санын анықтауға болады. Мысалы, егер N- соңғы және С – соңғы белгілі бір амин қышқылының 2 мольден бар екені анықталса, онда белок молекуласы екі полипептидтен құралады. Амин қышқылын анықтау үшін әдетте мынадай әдістердің біреуін қолданады: 1.1-фтор- 2,4- динитробензолдың қатысуымен (Ф.Сенгер әдісі); 2.Фенилизотиоцианттың қатысуымен (П.Эдман әдісі);3.Дансилхлоридтің қатысуымен. Осы аталған реагенттердің бәрі амин тобындағы азотпен қосылып, тұрақты коваленттік байланыс түзеді. 2.Фенилизотиоцианттың қатысуымен жүретін реакция . Бұл реакцияны әдетте Эдманның әдісі бойынша деградациялау деп те атайды. 3.Дансилхлоридтің қатысуымен жүретін реакция. Мұндай реакцияны іске асыру үшін полипептидті дансилхлоридпен өңдейді, бұл кезде соңғы амин қышқылындағы амин тобымен реактивтік сульфотобы арасында байланыс түзіледі. Полипептидтердегі (белоктардағы)С-соңғы амин қышқылдарды анықтау көпшілік жағдайда карбоксипептидтің бос карбоксил тобы бар соңынан бір- бірден амин қышқылдарын бөліп шығара алады. Бұл үшін полипептидке фермент қосып инкубациялайды, бөлініп шыққан С- соңғы амин қышқылын экстракциядан кейін хроматография әдісімен анықтайды; стандарт амин қышқылдарымен салыстырады. Бұл әдістегі қиындық мынадай: С-соңғы амин қышқылы бөлініп шыққаннан кейін де ферменттің жұмысы тоқтамайды және ол жаңа пайда болған С- соңғы қалдықтарды бөліп шығара береді. Сондықтан амин қышқылы гидролизінің жылдамдығын басқару қажет болады. |