Жалпы, Қазақстанның тәуелсіздік алған жылдардан бергі білім беру жүйесін келесі кезеңдерге бөліп қарастырамыз: 1.1991-1994 жж. - жоғары білімнің заңнамалық және нормативтік- құқықтық базасының қалыптасуы; 2. 1995-1998 жж. - жоғары білім беру жүйесін және оның мазмұнын жаңарту; 3. 1999-2004 жж. - білім беруді басқару мен қаржыландыру, білім беру ұйымдарына академиялық еркіндік беру; 4. 2005-2010 жж. - «2015 жылға дейінгі Қазақстанның білім беру жүйесін дамыту тұжырымдамасы» негізінде нарықтық экономикаға жоғары білім беру жүйесін бейімдеу; 5. 2011 жж. қазіргі уақытқа дейін - жаңа кезең, инновациялық дамуға бейімделген, еңбек нарығында бәсекеге қабілетті мамандарды дайындаудың ұлттық моделін қалыптастыру. Қазақстан Республикасының 1992 жылғы 18 қаңтарда қабылданған «Білім туралы» Заңышындығында алдағы негізгі мақсаттардың декларациясына айналды. Ел жалпы адамзаттық кұндылықтарға, ұлттық және әлемдік мәдениетке, оқу тілін және жеке адамды қалыптастыру мен дамытудың базалық принциптері ретіндегі оқу орнының тұрпатын тандау бостандығына адалдықты жариялады. Білім мекемелері оқу бағдарламаларын, нысандары мен әдістерін таңдауда бұрынғыдан айтарлықтай көп дербестік алды. Мемлекеттік тәуелсіздік жылдары мектепті дамытудын алғашкы елеулі нөтижесі — білім беруді элиталы ету, ол өте тез түрде әлеуметтік теңсіздіктің елеулі факторларының біріне айналды. Мектеп жүйесінің бір қиырында тереңдетіп оқытатын және мамаңдандырылған, «көрсетілетін қосымша кызметтерге» ақы төленетін мектептер көбейді. 1990/91 оқу жылынан 1995/96 оқу жылына дейін кейбір пәндерді тереңдетіп оқытатын мектептердің саны екі есе дерлік көбейді, гимназиялардың саны 16-дан 131-ге дейін, лицейлердің саны - 10-нан 112-ге дейін артты. Бұдан кейінгі жылдары мамандандырылған мектептердің саны азая бастады, ал лицейлер мен гимназиялардың саны өсуін жалғастырды, әйтсе де жоғары қарқыны едәуір белсендеді (1998/99 оқу жылы Қазакстанда жекелеген пәндерді терендетіп оқытатын 1964 мектеп, 195 гимназия және 149 лицей болды). 1995-1997 жылдары оқу-білім мекемелерін «оңтайландыру» дейтін жүргізілді, оның барысында 3000-нан астам шағын мектеп жабылды. Бұл мектепке бармайтын ауыл балаларының санын көбейтіп қана қойған жоқ, сонымен бірге көптеген ауылдық қоныстарды соңғы мәдениет ошақтарынан айырды. 1996 жылы Гимназия және лицей туралы ереже қабылданды. Н.Ә. Назарбаевтың «Дарынды балаларға арналған мектептерді мемлекеттік қолдау және дамыту туралы»өкімі Қазақстан мектебін сапалык, жаңғырту жолындағы нағыз стратегиялық мәні бар алғашқы елеулі қадам болды. Осы өкімге сәйкес дарынды балаларға арналған «Дарын» республикалық мектебі ашылды. 2004 жылға карай республиканың жалпы білім беретін мектептерін 100% компьютерлендіру жетістігі бағдарламаны іске асырудың нәтижесіне айналды. Алғашқы жеке меншік университеттер 1991-1992 жылдары пайда болды. Кейінгі жылдары олардың саны айрықша жоғары қарқынмен көбейді және 90-жылдардың екінші жартысында мүлдем шамадан асып кетті. 1993 жылғы 10 ақпанда Қазақстан Республикасының «Жоғары білім туралы» Заңы қабылданды. Арнаулы орта оқу орындары жоғары білім беру құрылымына енгізілді. Колледждердеоқыту тек толық орта білім негізінде ғана жүргізіле бастады. Оқу жоспарлары мен бағдарламаларын үйлестіру колледждердің таңдаулы түлектерінің жеделдетілген бағдарламамен жоғары білім алуына мүмкіндік берді. Жоғары оқу орындары сиякты колледждер де өзінің жанында екі жылдық бейіндік мектептері - лицейлері мен гимназиялары болуына мүмкіндік алды.
