Наиболее достоверными признаками поражения деревьев гнилями являются плодовые тела возбудителей, их бесплодные образования (ризоморфы, пленки, наросты), дупла. Многолетние плодовые тела обнаруживаются в течение всего года. Они крупные, твердые, разнообразные по форме, окраске и размерам. Однолетние плодовые тела мягкие, разные по форме, цвету и размерам, загнивающие в старости, осенью. Они образуются с начала лета до осени, особенно интенсивно в условиях повышенной влажности. Плодовые тела дереворазрушающих грибов формируются по всей длине ствола, но чаще - в средней и нижней его частях. В условиях городской среды плодовые тела возбудителей гнилей древесины образуются значительно реже и не так обильно, как в лесных и лесопарковых насаждениях. Ризоморфы представляют собой темно-бурые или черные сплетения грибницы, похожие на корни высших растений. Они обнаруживаются под отставшей корой стволов и являются признаком поражения опенком осенним (Armillaria mellea). Пленки являются плотными, плоскими сплетениями грибницы, белого, кремового или желтоватого цвета, часто похожими на замше.
Поражение корневыми гнилями приводит к быстрому ослаблению и усыханию хвойных пород, особенно сосны. Стволовые ядровые гнили в течение длительного времени (нескольких десятилетий) не оказывают заметного влияния на состояние деревьев. Однако пораженные деревья теряют устойчивость к ветру и подвергаются бурелому. Более опасными являются ядрово-заболонные гнили, при которых наблюдается усыхание ветвей, образование сухобочин, заметное ослабление деревьев, значительное снижение устойчивости к бурелому
У одних видов дереворазрушающих грибов (серно-желтый трутовик - Laetiporus sulphureus, настоящий трутовик - Fomes fomentarius, дубовая губка - Daedalia quercina) пленки образуются в трещинах гнилой древесины, у других (опенок) - под корой. Веерообразные, белые, тонкие или кожистые, желтоватые пленки являются характерным признаком поражения опенком.
Наросты - бесплодные деревянистые, крупные, черные, трещиноватые образования (чага), образующиеся на стволах березы (иногда ольхи, ясеня, рябины) свидетельствуют о поражении гнилью от скошенного трутовика (Inonotus obliquus).
Дупло является последней стадией гниения, признаком прекращения процесса гниения и начала механического распада древесины. Кроме того, установить пораженность гнилями можно по образцам древесины, взятых с помощью приростного бурава или выстукиванием ствола обухом топора.
В последнем случае гулкий, нечистый звук будет свидетельствовать о наличии в стволе гнили (как правило, в последней стадии). Косвенными признаками поражения стволовыми гнилями могут служить деформации ствола, сухобочины, наличие раковых ран, морозобоин, трещин, повреждения стволовыми вредителями. Поражение хвойных пород корневыми гнилями (опенок, корневая губка) сопровождается образованием суховершинности, изреженностью кроны, бледной окраской хвои смолоподтеками в комлевой части ствола и на корнях
