Ш.Ыбыраев өзінің ғылыми-шығармашылығының өзегі болған фольклортану саласындағы ізденістерін тереңдете түсті. Ол қолжазба қорындағы қазақтың ауыз әдебиеті үлгілерін жинақтап, «Ақ сандық, көк сандық» (1988) атты жинақ шығарды. «Эпос әлемі. Қазақтың батырлық жырларының поэтикасы» (монография. –Алматы: «Ғылым», 1993. –297 б.), «Поэтика огузского героического эпоса». (монография. – Алматы: «Ғылым», 1997. –128 б.), «Бастау. Қазақ халқының фольклоры туралы зерттеулер». (–Алматы: «Баспалар үйі», 2009. –160 б.) сияқты іргелі еңбектер, көптеген ғылыми мақалалар жазды.
Фольклортанушының аталған әр еңбегінің өзіндік орны бар. Олардың әрқайсысын жеке-жеке сөз етуге болады. Дегенмен, солардың арасында оның «Эпос әлемі. Қазақтың батырлық жырларының поэтикасы» атты монографиясының алатын орны айрықша. Бұл зерттеу – ғалымның эпос табиғатын жан-жақты ашып, терең ғылыми талдаулар жасаған іргелі еңбегі. Зерттеуде батырлық жырлардың жанрлық түрлерге жіктелуінен бастап, қазақ эпосының поэтикасы мен типологиясы, тарихи поэтика, байырғы эпос пен қаһармандық жырлар, эпостағы уақыт пен оның түрлері, эпикалық кеңістік, эпикалық дәуір, эпикалық уақыт, эпостың сюжеті мен көркемдік тәсілдері кеңінен қарастырылып, ғылыми құндылығы жоғары әрі тың тұжырымдар жасалады. Еңбекте көне мифтерден, батырлық ертегілерден, байырғы жырлардан бастау алатын қаһармандық эпостың жеке жанр ретінде қалыптасуы тарихи шындықпен, санадағы өзгерістермен тығыз байланыста қарастырылады. Ғалым батырлық жырлардың одан бергі рулар аясындағы уақыты мен рулар бірлестігінің дәуіріндегі түрленуі жырлар мәтінін салыстыра отырып талдап, олардың арасындағы тарихи сабақтастықты және уақыт пен кеңістік туғызған өзгешеліктерді анықтайды. Мифтік және ертегілік уақыттың қаһармандық уақытпен алмастырылуы өте нанымды дерек-дәйектер, нақты мысалдар арқылы дәлелденеді. «Ер Көкше», «Ер Қосай», «Құбығұл» сияқты көне дәуір жырлары оқиғаларының ноғайлы дәуіріне телінуін әр дәуірдің өзіне тән сипаттарын қатаң ескере отырып айқындауынан фольклортанушының жыр табиғатын тап басып тани білгендігін көруге болады. Ғалымның батырлық жырлар қаһармандарының мифтік кейіпкерлермен араласа қатар жүріп, қалыңдық іздеуін, олармен соғысуын байырғы эпостар оқиғаларының бергі дәуірлер жырларына көшкенінің айғағы ретінде келтіруі де оның эпос сырына терең бойлай отырып жасаған өте маңызды тұжырымдарының бірі. Фольклортанушы ғалым осы еңбегінде эпостың көркемдік жүйесін өте жақсы аша білген. Ол сюжет құрылымын әулиеден бала сұрау, шілдехана, той, түс көру сияқты ұлт танымымен тығыз байланысты мотивтер арқылы таратып береді.
Әдебиеттанушы ғалым Ш.Ыбыраевтың ғылыми ізденістеріне
арқау болған саланың бірі фольклортану болса, екіншісі – түркітану. Фольклор мен түркітану оның ғылымдағы қос қанаты.