"фараби əлемі" атты халықаралық ғылыми конференция материалдары


THE FEATURES OF miRNA BINDING SITES IN CDS OF ALK mRNA



Pdf көрінісі
бет269/372
Дата02.03.2022
өлшемі2,79 Mb.
#26858
1   ...   265   266   267   268   269   270   271   272   ...   372
Байланысты:
thesis114326

THE FEATURES OF miRNA BINDING SITES IN CDS OF ALK mRNA 
 
Yurikova O.Yu. 
al-Farabi Kazakh National University 
oksanayurikova@mail.ru
  
 
NSCLC  -  one  of  the  most  genetically  diverse  cancers,  which  makes  it  necessary  to  carry  out  the 
therapy considering molecular subtype. About 5% of NSCLCs are caused by a rearrangement in  ALK gene. 
In  the  vast  majority  of  cases,  ALK  rearrangements  are  non-overlapping  with  other  mutations found  in 
NSCLC  and  require  therapy  with  ALK-targeted  inhibitors.  Mutation,  rearrangements  and  amplification  of 
ALK  gene  have  been  found  in  a  series  of  tumors  including  NSCLC  anaplastic  large  cell  lymphomas,  and 
neuroblastoma.  ALK  gene  expression  can  be  regulated  by  miRNAs.  Therefore,  search  of  miRNA  binding 
sites  in  mRNA  of  ALK  gene  is  essential for  better  understanding  of  post-transcriptional regulation  of  ALK 
expression and possible use of miRNAs for diagnostics of NSCLC. 
We predicted miRNA binding sites in mRNA of ALK gene using MirTarget program. miRNA binding 
sites in protein coding sequence (CDS) of mRNA of ALK gene were detected among 6479 miRNAs. It was 
identified  that  region  of  mRNA  of  ALK  gene  between  3387  and  3424  nucleotides  is  the  target  for  10 
miRNAs: miR-1281, miR-11-29785, miR-13-35476-3p, miR-17-39011-3p, miR-7-20459-3p, miR-9-25099-
3p,  miR-6792-3p,  miR-1-2802-3p,  miR-22-40302-3p,  miR-X-48174-3p.  This  region  of  mRNA  encodes 
EWAGGGGGGGGA oligopeptide. There are 5 binding sites for miR-1281, 4 for miR-11-29785, 4 for miR-
13-35476-3p, 2 for miR-17-39011-3p, 3 for miR-7-20459-3p, 5 for miR-9-25099-3p and one site for miR-
6792-3p, miR-1-2802-3p, miR-22-40302-3p, miR-X-48174-3p in mRNA of ALK gene. The interaction value 
of miRNAs with mRNA binding sites of ALK gene is 80% -90% of the maximum value of binding energy of 
miRNA with a fully complementary nucleotide sequence. This arrangement of binding sites localized within 
the  sequence  of  37  nucleotides  in  mRNA  of  ALK  gene  may  serve  as  example  of  cluster  organization  of 
miRNA binding sites in CDS. It is likely that in this case suppression of ALK protein expression depends on 
level of expression of described miRNAs.  
Scientific adviser: Atambayeva Sh. A., Candidate of Biological Sciences, Assoc. Prof. 
 


Достарыңызбен бөлісу:
1   ...   265   266   267   268   269   270   271   272   ...   372




©emirsaba.org 2024
әкімшілігінің қараңыз

    Басты бет