"фараби əлемі" атты халықаралық ғылыми конференция материалдары

THE FEATURES OF miRNA BINDING SITES IN CDS OF ALK mRNA

жүктеу/скачать 2,79 Mb. Pdf көрінісі бет 269/372 Дата 02.03.2022 өлшемі 2,79 Mb. #26858

THE FEATURES OF miRNA BINDING SITES IN CDS OF ALK mRNA    Yurikova O.Yu.  al-Farabi Kazakh National University  oksanayurikova@mail.ru      NSCLC  -  one  of  the  most  genetically  diverse  cancers,  which  makes  it  necessary  to  carry  out  the  therapy considering molecular subtype. About 5% of NSCLCs are caused by a rearrangement in  ALK gene.  In  the  vast  majority  of  cases,  ALK  rearrangements  are  non-overlapping  with  other  mutations found  in  NSCLC  and  require  therapy  with  ALK-targeted  inhibitors.  Mutation,  rearrangements  and  amplification  of  ALK  gene  have  been  found  in  a  series  of  tumors  including  NSCLC  anaplastic  large  cell  lymphomas,  and  neuroblastoma.  ALK  gene  expression  can  be  regulated  by  miRNAs.  Therefore,  search  of  miRNA  binding  sites  in  mRNA  of  ALK  gene  is  essential for  better  understanding  of  post-transcriptional regulation  of  ALK  expression and possible use of miRNAs for diagnostics of NSCLC.  We predicted miRNA binding sites in mRNA of ALK gene using MirTarget program. miRNA binding  sites in protein coding sequence (CDS) of mRNA of ALK gene were detected among 6479 miRNAs. It was  identified  that  region  of  mRNA  of  ALK  gene  between  3387  and  3424  nucleotides  is  the  target  for  10  miRNAs: miR-1281, miR-11-29785, miR-13-35476-3p, miR-17-39011-3p, miR-7-20459-3p, miR-9-25099- 3p,  miR-6792-3p,  miR-1-2802-3p,  miR-22-40302-3p,  miR-X-48174-3p.  This  region  of  mRNA  encodes  EWAGGGGGGGGA oligopeptide. There are 5 binding sites for miR-1281, 4 for miR-11-29785, 4 for miR- 13-35476-3p, 2 for miR-17-39011-3p, 3 for miR-7-20459-3p, 5 for miR-9-25099-3p and one site for miR- 6792-3p, miR-1-2802-3p, miR-22-40302-3p, miR-X-48174-3p in mRNA of ALK gene. The interaction value  of miRNAs with mRNA binding sites of ALK gene is 80% -90% of the maximum value of binding energy of  miRNA with a fully complementary nucleotide sequence. This arrangement of binding sites localized within  the  sequence  of  37  nucleotides  in  mRNA  of  ALK  gene  may  serve  as  example  of  cluster  organization  of  miRNA binding sites in CDS. It is likely that in this case suppression of ALK protein expression depends on  level of expression of described miRNAs.   Scientific adviser: Atambayeva Sh. A., Candidate of Biological Sciences, Assoc. Prof.    жүктеу/скачать 2,79 Mb. Достарыңызбен бөлісу: