Свержение власти бакуфу Последний всплеск активной внутренней политики бакуфу относился к 1318 г., когда оно пыталось навести порядок в западных провинциях областей Санъё и Нанкай, отдав распоряжения местным сюго и гокэнин разрушить укрепления акуто в их провинциях. Было разрушено более 20 укреплений, многие акуто убиты. Однако спокойствие было кратковременным. В то же время бакуфу обязало гокэнин, имевших владения по побережью Внутреннего Японского моря, охранять наиболее важные порты от пиратов. Однако слабость власти бакуфу проявилась, когда на севере Хонсю вспыхнула междоусобная война в доме Андо, а армия оказалась не в состоянии справиться с этими трудностями.
Годайго же собирал силы. Во главе буддийской школы Тэндай стал сын Годайго Моринага, тем самым обеспечив отцу поддержку этой сильнейшей религиозной организации, обладавшей вооруженными отрядами монахов. Хино Сукэтомо и Хино Тосимото вели переговорами с главами формирований акуто в районе Кинай. Все-таки в 1324 г. заговор, который готовили противники Ходзё, был раскрыт. Направлявшиеся в Киото отряды военных домов Токи и Тадзики из провинции Мино были атакованы отрядом рокухара тандай, мятежные командующие убиты, а ближайшие сподвижники Годайго Хино Сукэмото и Хино Тосимото арестованы и препровождены для разбирательства в Камакура. Эти события вошли в историю под названием Сётю-но хэн — «беспорядки годов Сётю».
Императорский двор сделал все возможное, чтобы отвести подозрения от Годайго, но все равно он лишился одного из своих ближайших сподвижников Хино Сукэтомо, которого обвинили в руководстве заговором против бакуфу и сослали на о-в Садо.
В 1331 г. был раскрыт второй заговор против бакуфу. Император был вынужден покинуть Киото и укрыться на горе Касаги, а в провинции Кавати против бакуфу выступил Кусуноки Масасигэ, который укрепился в крепости Акасака. Годайго был арестован и отправлен в ссылку на о-в Оки. Однако, несмотря на давление бакуфу, он отказался отречься. Тем не менее, бакуфу все же организовало церемонию возведения на трон принца Кадзухито из Дзимеин под именем императора Когон.
Моринага, сын Годайго, рассылал по всей стране указы от имени сосланного императора, в которых призывал военные дома выступить против власти Ходзё. Кусуноки Масасигэ, будучи талантливым военачальником, постоянно доставлял большие неприятности бакуфу партизанскими действиями. На Кюсю против Ходзё выступил Кикути Такэтоки, а в Харима — Акамацу Норимура. Все больше самурайских домов вставало на сторону Годайго, что обеспечило ему возможность в 1333 г. покинуть место ссылки и укрыться у Нава Нагатоси в провинции Хоки.
В то время сторонники Годайго уже контролировали западные провинции. Во главе армии бакуфу, выступившей против мятежников, был поставлен Асикага Такаудзи. Род Асикага происходил от Минамото, и традиционно имел прочное положение при Ходзё, но Такаудзи очень давно был не доволен политикой Ходзё, в частности, выдвижением на первый план в структурах власти бакуфу миутибито. Поэтому он перешел на сторону Годайго.
Рокухара тандай вместе с императором Когон и его двором бежали в Камакура, однако по пути попали в окружение акуто. Многие сторонники бакуфу покончили с собой, а императора вернули в столицу. Тогда же Нитта Ёсисада из провинции Кодзукэ атаковал Камакура. Город был сожжен. Множество представителей дома Ходзё и миутибито покончили с собой. На Кюсю войска родов Муто и Отомо провели успешную операцию против тиндзэй тандай. Годайго вернулся в Киото. Император Когон отрекся, Годайго вновь стал императором.
Так завершилось существование первого сёгуната, а с ним и период Камакура.