Упразднение княжеств 29 августа 1871 г. была совершена весьма важная реорганизация системы административно-территориального деления, которая в то время соответствовала формуле фу-хан-кэн, т. е. префектуры фу (столичные) и кэн сосуществовали с дореформенными княжествами (хан). Первоначально система префектур была учреждена лишь в бывших сёгунских владениях, но теперь императорским указом она была распространена на всю страну, а княжества полностью упразднялись.
Издание императорского указа об окончательном упразднении хан (хайхан тикэн) было вызвано тем, что в сохранившихся княжествах даймё продолжали чувствовать себя полновластными хозяевами. При этом содержание этого документа ясно свидетельствовало о том, что центральная власть уже не особенно нуждалась в поддержке местных феодалов и, в целом, не опасалась значительного противодействия с их стороны. В нем, в частности, говорилось:
«В настоящее время Мы окончательно и бесповоротно упраздняем княжества и превращаем их в имперские владения (префектуры) для того, чтобы сократить расходы, упорядочить государственный аппарат, избавиться от всего, что отжило, и ликвидировать основы сепаратизма, подтачивающие государственность».
В соответствии с указом в стране было создано более 300 префектур (кэн), в том числе 3 столичные (фу) — Токио, Киото и Ōсака, — в которых была введена особая система управления (особый статус Токио и Ōсака сохранился и по сей день). Вскоре, к ноябрю того же года, число префектур было сокращено до 75, а и 1888 г.—до 46.
Последующие реформы государственного управления С ликвидацией в 1871 г. феодальных княжеств была проведена очередная реформа правительства, перестроенного по формуле санъинсэй, т.е. по 3-палатной схеме. Новый государственный совет (дадзёкан) делился на 3 палаты — центральную (сэйин), занимавшуюся по указанию императора вопросами религии, дипломатии, войны и мира, заключения договоров; правую (уин), куда входили главы ведомств, и которая осуществляла административное руководство; и левую (сани), членов которой назначал император; ее функция состояла в подготовке рекомендаций по законопроектам центральной палаты. Для практического управления страной были учреждены 8 министерств (сë) — по делам религии, иностранных дел, финансов,
военное, образования, поощрения промышленности, юстиции, по делам двора. Кроме того при дадзёкан были введены должности советников (санги), которые заняли выходцы из юго-западных княжеств, том числе Кидо Такаёси, Сайгō Такамори, Итагаки Тайсукэ, Ōкума Сигэнобу.
Среди новых политических лидеров не было единства мнений относительно характера и структуры правительства. Источником беспокойства внутри правительства стало министерство финансов, компетенция которого была настолько широкой, что оно стало вторгаться и в более общие вопросы управления страной. На этой почве у него возникали конфликты с центральной палатой и другими министерствами. В 1873 г., когда представительная правительственная делегация (Ивакура, Кидо, Ōкубо, Итō и др.) находилась в Америке и Европе, стараясь добиться пересмотра неравноправных договоров, оставшиеся на родине члены правительства, среди которых наибольшим влиянием пользовался Сайгō Такамори, вышли за рамки полномочий, оговоренных при отъезде делегации, и провели ряд реформ, направленных на ограничение полномочий министерства финансов и усиление роли центральной палаты.
Одновременно в высшем эшелоне государственного аппарата назревали противоречия между советниками (санги) и министрами. Первые предлагали важные политические решения, но при этом были отъединены от практически работавших министерств (се); с другой стороны, по сравнению с обладавшими реальной властью министрами положение санги было номинальным. В октябре 1873 г. Сайгō и другие санги (Итагаки Тайсукэ, Готō Сёдзирō, Соэдзима Танэоми) покинули свои посты. В целях укрепления структуры правительства и повышения эффективности управления страной была принята система совмещения должностей санги и министров.
Еще одна серьезная реорганизация правительства была осуществлена в 1875 г., когда впервые была предпринята попытка реализовать на практике принцип разделения властей. 17 января 1874 г. бывшие санги Соэдзима, Готō, Итагаки и др. (всего 8 чел.) подали в левую палату докладную записку о необходимости создания избираемого народом парламента и подвергли критике правительство за проведение политики исключительно в пользу бюрократии.
14 апреля 1875 г. был опубликован императорский указ о постепенном введении конституционного строя. Было провозглашено, что будут созданы палата старейшин (гэнрōин) и верховная судебная палата (тайсинъин). Одновременно была сделана попытка превратить правительство в более работоспособный орган. Были ликвидированы левая и правая палаты, осталась только центральная. Усилилась функция главного министра (дадзë дайдзин) как помощника императора. Компетенция левого и правого министров была сокращена до объема полномочий прежних советников (санги). Палата старейшин была создана при центральной палате в качестве консультативного органа по вопросам законотворчества, однако ее полномочия не были четко определены. В конечном счете ее компетенция была ограничена выражением мнения о принятии новых и отмене старых законов, причем она рассматривала только те вопросы, которые предлагал дадзёкан. Однако палата старейшин имела право представлять императору свои пожелания в области законодательства. Значимость палаты определялась ее составом. Ее члены назначались императорским указом из представителей аристократии, высших должностных лиц, тех, кто оказал большие услуги государству, и наиболее компетентных и образованных специалистов. Именно по этому принципу позже была сформирована верхняя палата парламента.
Верховная судебная палата, также учрежденная при центральной палате, по замыслу ее создателей должна была контролировать исполнение законов, но фактически служила лишь инстанцией для окончательного разрешения судебных дел. При создании нового органа за образец был взят французский кассационный суд с той разницей, что последний мог отклонять решения нижестоящих судов, но не имел полномочий самостоятельно принимать решения по существу, а японская верховная судебная палата получила такие полномочия. Ее создание стало первым большим шагом по пути модернизации японской юстиции.
Реформа государственного аппарата 1875 г. представляла собой компромисс между сторонниками введения представительного правления, и теми, кто считал, что народ к нему еще не готов. Споры по этому вопросу еще долгие годы оставались в центре внутриполитической борьбы в Японии.