Экологиялық мониторинг басқармасы атмосфералық ауаның, жауын-шашынның, қар жамылғысының, топырақтың, радиациялық жағдайдың жай-күйі туралы деректерді жинау, өңдеу жəне талдау бойынша жұмыстарды орындайды, AirKZ мобильді қосымшасының жəне атмосфералық ауаның сапасы бойынша интерактивті картаның жұмысын қамтамасыз етеді.
Жер үсті суларының деректерін талдау басқармасы ҚР жер үсті сулары сапасының жай- күйі туралы деректерді жинауды, өңдеуді, талдауды жүзеге асырады, халықаралық
ынтымақтастық шеңберінде отырыстарға қатысады жəне халықаралық ақпарат алмасу үшін трансшекаралық өзендер суының сапасы туралы ақпаратты дайындауды жүзеге асырады, жер үсті суларының сапасы бойынша интерактивті картаның жұмысын қамтамасыз етеді.
Экологиялық желіні əдістемелік қамтамасыз ету басқармасы «Қазгидромет» РМК химиялық-талдау зертханаларын əдістемелік қамтамасыз ету, аккредиттеу рəсімдері саласындағы үйлестіру бойынша жұмыстарды жүргізеді, экологиялық желінің ғылыми- əдістемелік базасын қалыптастырады.
Ғылыми-зерттеу орталығы «Қазгидромет» РМК негізгі ғылыми бөлімшесі болып табылады, оның міндеттері:
Климаттың өңірлік жəне жаһандық модельдері негізінде Қазақстан климатының ауытқуы мен болашақтағы өзгерістерін болжау;
Су тасқыны жəне су басу кезінде Қазақстанның жазық жəне таулы өзендерінің ағынын болжау үшін сандық гидрологиялық модельдерді бейімдеу;