Күн энергиясының артықшылықтары бар сияқты, бізде де кемшіліктер бар. Олардың не екенін көрейік:
Ол бар салыстырмалы түрде төмен тиімділік күн энергиясын электр энергиясына айналдыру кезінде. Бұл тиімділік шамамен 25% құрайды. Технологиялық даму осы тиімділікті арттыруға бағытталған.
Ұзақ мерзімді перспективада бұл қоршаулар болуы мүмкін, бастапқы құны жоғары және бұл бәріне бірдей қол жетімді емес.
Орнату үшін орын қажет көп өндіруге мүмкіндік беру үшін үлкенірек электр қуаты. Егер энергияға қажеттілік көп болса, кеңістіктің жетіспеушілігін ескере отырып, күн батареяларын орнату қиынырақ болатынын ескеру қажет.
Бұл тұрақты емес энергия түрі. Ол күн ішінде өзгереді, ал түнде қол жетімді емес. Күні бойы ол күн сәулесінің түсуіне байланысты өзгеріп отырады.
Панельдердің өнімділігі белгілі атмосфералық жағдайларда төмендейді ұзақ уақыт бойы жылу мен ылғалдылық кезінде немесе бұлт пен тұманмен.
Ластану күн энергиясының проблемасы болып табылады. Атмосфераның ластану деңгейі жоғары қалаларда өнімділік әлдеқайда төмен.
Күн батареяларын өндіру кезінде парниктік газдардың көп мөлшері шығарылады және улы қалдықтар. Бұл кемшілік, оны пайдалану кезінде кейін қалпына келтіруге болады, өйткені ол көміртегі ізін едәуір азайтуға көмектеседі.