Микрофлора пищеварительного тракта наиболее стабильна и разнообразна по своему составу. Микроорганизмы находятся в полости и на слизистых оболочках. В разных отделах пищеварительного тракта состав микрофлоры различен.
В ротовой полости имеются благоприятные условия для многих микробов: температура, влажность, слабощелочное значение рН. Здесь находится более 100 видов микроорганизмов (в 1 мл слюны – 108 микробных тел). Основная масса локализована в зубном налёте (в 1 мг – 250 миллионов микробных тел).
Главную роль в формировании постоянной микрофлоры играет слюна, так как она обладает бактерицидным действием. В ней находятся противомикробные вещества: лизоцим, лактоферрин, пероксидаза, нуклеаза, секреторный иммуноглобулин.
В ротовой полости обитают стрептококки (Str. salivarius – наиболее постоянный обитатель), лактобациллы, вейлонеллы, нейссерии, коринебактерии, бактероиды. Обнаруживаются гемофильные бактерии, трепонемы, дрожжеподобные грибы, актиномицеты, микоплазмы, простейшие.
В желудке содержится незначительное количество микробов. Желудочный сок имеет кислое значение рН, что вызывает гибель микроорганизмов. Желудочный сок – надёжный защитный барьер от проникновения в кишечник патогенных и условно-патогенных микробов. Если кислотность снижается, в желудке обнаруживаются лактобациллы, дрожжи, Bac. subtilis, Sarcina ventriculus, поступающие из ротовой полости. Возможно также проникновение в желудок, а затем и в кишечник дизентерийных, брюшнотифозных, паратифозных бактерий, холерных вибрионов и других патогенных микробов. При гастритах и язвенной болезни в желудке обнаруживается Campylobacter pylori.
В верхнем отделе тонкой кишки обитает мало микроорганизмов, так как в тонкой кишке содержится много ферментов. Здесь обнаруживаются бифидобактерии, клостридии, эубактерии, лактобациллы, анаэробные кокки. В нижних отделах тонкой кишки микрофлора приближается к микрофлоре толстого кишечника.
В толстой кишке содержатся огромное количество микробов, так как здесь имеются благоприятные условия для размножения многих микроорганизмов. За сутки с фекалиями выделяется 171012 микробных тел, что составляет 1/3 сухой массы фекалий.
В толстой кишке обитает около 260 видов факультативных и облигатных анаэробов.
Облигатные анаэробы составляют 96-99%: 1) грамположительные неспоровые палочки – бифидобактерии, лактобактерии, эубактерии, катенобактерии; 2) грамотрицательные неспоровые палочки – бактероиды; 3) грамположительные споровые палочки – C. perfringens, C. sporogenes (в небольших количествах). Бифидобактерии и бактероиды составляют 80-90%.
Факультативные анаэробы составляют 1-4%: 1) грамотрицательные бактерии семейства Enterobacteriaceae: E. coli, p, Enterobacter, p. Citrobacter, p. Klebsiella, p. Proteus; 2) лактобациллы; 3) энтерококки (Str. faecalis).
В небольшом количестве (0,001-0,01%) содержатся клебсиеллы, протей, дрожжи, синегнойная палочка, простейшие, вирусы. В очень редких случаях встречаются стафилококки и стрептококки.