объемная теплота сгорания водорода в три раза меньше, чем у природного газа;
относительно высокая цена при промышленном получении водорода (два основных направления получения водорода - электролиз и плазмохимия. При электролизе для получения одного кубометра водорода требуется 4 - 5 киловатт-часов электроэнергии. Это дорого. Например, производство такого же количества бензина обходится примерно втрое дешевле).
И всё же преимуществ у водородного топлива гораздо больше, чем недостатков. Таким образом, водород является перспективной заменой используемым сейчас источникам энергии.
