2. ХІV ғасырдың ортасы-ХVІ ғасырдыңбасында Оңтүстік-Шығыс Қазақстан аумағы Моғолстан /1347-1508 ж.ж./ мемлекетіне кірді. Ол Орта Азияның солтүстік шығысында, моңғолдар кезінде ар мен талас тартыстарға, көршілес мемлекеттер тарапынан жасалған шабуылдарды тойтаруға толы.
Шыңғысханның ұлдарының бірі Шағатай ұлысы ыдырауының нәтижесінде ХІҮ ғасыр дың ортасында Орта Азияның солтүстік шығыс бөлігі, Жетісу мен Шығыс Түркістан жерінде Моғолстан мемлекеті құрылды. Қазіргі Оңтүстік-Шығыс Қазақстан аумағы ХІҮ ғасырдың ортасы – ХҮІ ғасырдың басында Моғолстан мелекетінің құрамына кірді. «Моғолстан» атауына келетін болсақ, бұл сөз «монғол» сөзінен шыққан, алайда Шоқан Уәлиханов: «Моғолды монғолдармен шатастыруға болмайды. Олар мұсылман дініндегі түркі тілдес тайпалар», -деп жазды. Бұл жөнінде В.В.Бартольд та: «Ол кезде Моғолстан атанған Оңтүстік-Шығыс Қазақстанның негізгі тұрғындары түркі тілдес халықтар болды», - дейді.
Мұхаммед Хайдар Дулати өзінің «Тарих и Рашиди» атты шығармасында «Қазіргі күнде Моғолстан атанып отырған аумақтың ұзыны мен көлденеңі 7-8 айлық жол. Баркөл, Ертіс-Көкше теңіз, Түркістан-Ташкент, Ферғана, Қашғар, Ақсу аралығы. Олардың көпшілік бөлігінің тау мен дала (сахара) өте әдемі әрі саф таза екені сонша, мен оларды суреттеуге сөз таба алмай отырмын. Оның таулары мен даласында көлдердің көптігінен атуларын ешкімде есінде сақтап қала алмайды. Мұндай көлдер Моғолстаннан басқа еш жерде кездеспейді, ал оларды суреттеуге тіл жетпейді. Моғолстанның көпшілік жері климатының жаз кезінде мейлінше қоңыржай болатыны сонша, егер жеңіл киім (шекпені) болса, адамға басқа ешқандай киімнің керегі жоқ. Егер (өзіңе) бір (жылы) нәрсе кисең, климаттың жылы болуы себепті оны сезінесің».
Моғолстан мемлекетінің астанасы Жетісу аймағындағы Алмалық қаласы, хандықтың алғашқы хандарының бірі Тоғылық Темірдің ордасы болды.
Деректерге сүйенсек, Тоғылық Темір өзінің бар ғұмырын жаугершілікпен өткізіп, 1362 жылы дүние салады. Оның мазары Шығыс Түркістандағы Қашқар қаласының маңында орналасқан. Мазардың биіктігі 14 метр.
Моғолстан халқының негізін құраған тайпалардың ішінен дулаттар өздерінің қуаттылығымен ерекшеленді. Тоғылық Темірдің хан атануы дулат тайпасының көсемі әмір Болатшының еңбегі еді. Мырза Хайдар осыған байланысты Құндыз қаласында жазылған хан жарлығы туралы мәлімет береді. Ол жарлықта Болатшыға тоғыз түрлі артықшылық беру мәселесі айтылған. Хандық халқының құрамын духтуй, барлас, барқы, итаршы, күнжі, бекшік, қалушы, макрит (меркіт), шункарги (сұңқаршы) құрады. Олар ертеден осы өңірде өмір сүрген түркі тілдес тайпалар еді, сонымен қатар олардың қатары түріктеніп кеткен монғол тайпаларымен де толықты. Тарихи деректерде Моғолстан құрамында чарос тайпасы аталды. Бұл тайпа кейінгі дәуірде Жоңғарияны биледі. Алайда, Моғолстан мемлекетінің халқы монғол тілдес емес, түркі тілдес тайпалар болғанын айтуымыз керек. Мемлекеттік дінге келетін болсақ, бұған Мұхаммед Хайдар Дулатидің «Моғолстанда бір күнде 160 мың адам мұсылман болды» деген дерегін алға тарта отырып, Тоғылық Темірдің елде ислам дінін енгізуге барынша күш жұмсағанын көре аламыз.
Моғолстанда ұлыстық басқару жүйесі үстемдік құрды, яғни барлық хандықтың аумағы бірнеше ұлыстарға бөлінді. Моғолстан мемлекетіндегі ең жоғарғы билік етуші адам хан атағына ие болды. Хан болса өзінің ел басқару ісінде көмекшілері ұлысбектерге арқа сүйеді, олар әдетте дулат тайпасының әмірлерінен тағайындалатын. Олардың басты міндеті ұлыстардан жиналған алым-салықтармен ханның қазынасын толтыру еді. Алайда мұндай» ұлыстық басқару жүйесі хандықтың бытыраңқылыққа ұшырауына алып келді. Себебі ұлыстағы билікті ұстаушы ұлысбектері, соның ішінде Жоңғария, Қырғыз өлкесі мен Жетісуда дара билік жүргізіп келген ірі рулардың ақсүйектері Моғолстандағы хандық өкіметті мойындамай, өз алдына жеке билік құруды көкседі.
Соғыс жорықтары. Рулардың кертартпалығына қарамастан Тоғылық Темір хандықты бір орталыққа бағындырып, 1361 жылы Маураннахрды толық өзіне қаратты, онда өзінің ұлы Ілияс Қожаны билеуші етіп қою мүмкіндігіне ие болды. Ілияс Қожа 1362 жылы Моғолстанда әкесінің орнына хан болып, Шағатай иеліктерін біріктіруге әрекет жасайды. 1365 жылы Ілияс Қожа Мауараннахрға жасаған жорықтарында Сырдария бойында және Ташкент түбінде Әмір Темір әскерімен кездесіп жеңіс туын көтереді. Алайда оған самарқанды алу мүмкіндігі тумады. Ілияс Қожаның тұсында хандық бірнеше бөліктерге бөлініп, өзара ішкі феодалдық қырқыс басталады. Осындай оңтайлы сәтті Әмір Темір шебер пайдалана білді.
Әмір Темірге қарсы Моғолстан мен Ақ Орда хандықтары соғыс одағын құрады. Алайда Моғолстан Қызыр Қожа хан билігінің тұсында (1385-1399жылдары) Әмір Темірдің күшіне қарсы тұра алмай, оған тәуелділігін мойындауға мәжбүр болады. Мұхаммед Хайдар мырза «Зафар-наме» кітабының деректеріне сүйене отырып, Әмір Темірдің Жетісу өлкесіне жасаған бес жорығын сипаттайды.
Әмір Темірдің жойқын жорықтарына барынша төтеп беріп, оның ықпалынан құтылып, Шу –Талас бойын өзіне қайтарып алған Мұхаммед хан 1408-1416 (18) жылдары билік құрды. Бірақ хандықтың шаруашылық негізі қалпына келе алған жоқ. Мұхаммед ханнан кейін билік төріне көтерілген Уайс ханның (1418-1429 (28) тұсында Моғолстанға ойраттардың шабуылы жиелеп, ол хандықтың ордасын Ілебалыққа көшірді. Уайс ханның мұрагерлерінің талас-тартыстары нәтижесінде билікке келген баласы Есен Бұғаның (1433-1462 ж.) тұсындағы тарихи оқиғаның бірі Көшпелі өзбектер мемлекетінің құрамында өмір сүрген алаш тайпаларының (қазақтардың) Жетісуға үдере көшуі еді. Бұл көшті бастаған Орыс ханның немерелері Керей мен Жәнібек сұлтандар дербес хандықтың негізін салды. Есен Бұға болса өзінің ішкі-сыртқы жағдайын ойластыра отырып, қазақтарды жақсы қарсы алып, Шу мен Талас өзендерінің бойынан жер бөліп берді. Есен Бұғаның мұндағы басты мақсаттарының бірі қазақтарды ойрттарға және Темір әулетіне қарсы күш ретінде пайдалану еді.
Моғолстанның алғашқы хандары Тоғлық Темір мен Ілияс-Қожа 60-жылдарды Мауаранахрда Шағатай ұрпағының билігін қалпына келтіруге єрекет жасады. Бірақ 70-80-жылдардың өзінде-ақ Моғолстан билеушілері Қызыр -Қожа ханның (1388-1389), ємір Қамар ад-дин дуғлаттың, Енге төренің және басқаларының Жетісу мен Қашқарияға Темір єскерлерінің басып кіруіне қарсы ұзаққа созылған және тірескен күрес жүргізуіне тура келді. Оны күрес барысында Ақ Ордамен күш біріктіруге єрекет жасалды. Ємір Темірге қарсы біріктірілген күрестің Шығыс Дешті Қыпшақ пен Жетісу халқының саяси, шаруашылық байланыстарын орнату үшін зор маңызы болды. Орта Азия билеушісі жорықтарының қортындысында Моғолстан уақытша үлестерге бөлініп кетті. Қызыр-Қожа хан өзін Темірдің вассалы деп тануға мєжбүр болды. Темір ұрпақтары ХV ғасырдың 1-жартысында Оңтүстік-Шығыс Қазақстан мен Қырғызстан жерлеріне дәмеленуін тоқтатпады.
Моғолстан мемлекетінің орталығы – Алмалық. Саяси тарихында мемлекеттің күшеюі Мұхамммед хан (1408-1416) тұсына келеді. Билікті орталықтандыру мақсатында ислам дінін күшейткен Мұхаммед игі жетістіктерге жетті. Көрші ойрат тайпалары шапқыншылықтардың ауыртпалығы Уәйс ханға (1418-1428) түсті. Уәйс хан қаза тапқаннан кейін феодалдық тартыс бұрыңғыдан да бетер шиеленісті. Феодалдық екі топ: бірі Жүніс сұлтанды, екіншісі Есенбұғаны қолдады. Есенбұғаны жақтаған ақсүйектер жеңіске жетті. 1433-1462 ж. Моғолстан мемлекетінде Есен-бұға ел биледі.
1462-1487 ж.ж. Жүніс хан мемлекеттің жағдайын біршама нығайтты. 1508 ж. Махмұд ханнан (1487-1508) кейін мемлекет өмір сүруін тоқтатты.