Марганец - тірі ағзалар үшін өмірлік маңызы бар элемент. Ол аргиназаның, пируваткарбоксилазаның және Mn–супероксиддисмутазаның құрамына кіреді және бірқатар ферменттерді: лимон және алма қышқылдарының дегидрогеназасын, фосфатазаны, РНК- нуклеотидилтрансферазаны, және ДНК- нуклеотидилтрансферазаны және басқаларды белсенді етеді.
Марганец, сүйек және дәнекер тіндердің жасалуына қатысады, ол марганецтің қатысуымен фосфатазалардың белсенді етілуімен және сүйек матрицасындағы қышқыл гликозаминдердің синтезделуімен байланысты. Адам ағзасында марганецтің ең жоғары концентрациясы, түтікшелі сүйектерде және қабырғаларда байқалады. Марганец ағзаға артық түскен кезде, оның концентрациясы сүйекте жоғарылайды және оларда рахитке ұқсас – «марганец рахиті» дамиды. Құстар мен жануарларда марганецтің жетіспеушілігі, сүйек түзілуінің бұзылуына әкеп соғады.
Марганецке айқын липотропты қасиет тән, бұл қасиеті холиннің мөлшері аз кезде ең үлкен дәрежеде байқалады. Марганецтің липидтердің алмасуына қатысуы, оның холестериннің алдындағы өнімдерінің синтезделу үрдісін катализдейтін ферментті белсенді етуімен байланысты.
Марганец, сондай-ақ инсулиннің қалыпты секрециясы үшін де қажет, себебі, глюконеогенез үрдістері, простетикалық топтарының құрамына марганец кіретін, пируваткарбоксилазамен катализденеді. Марганецтің жеткіліксіздігі, диабетогенді фактор болуы мүмкін.
Марганецтің катехоламиндердің алмасуына әсері де маңызды. Марганецтің, негізінен кәсібіне байланысты, ағзаға артық түсуі, катехоламиндердің алдыңғы өнімдерінің синтезінің бұзылуы есебінен, марганец паркинсонизмі дамуына әкеп соғуы мүмкін. Марганецтің жеткіліксіздігі кезінде сіңір тартылуына бейімділік байқалады. Марганец қан түзілу үрдісіне де, сондай-ақ жыныс бездеріне де және олардың қызметімен байланысты жыныстық жетілу үрдісіне, репродукцияға, потенцияға әсер етеді. Мысалы, марганеці аз тағам қабылдаған жануарларда репродукциялық қызметінің төмендеуі, өсу үрдісінің баяулауы, анемия дамуы байқалады, ал өндіріс жағдайында марганецтің жоғары концентрациясының әсеріне ұшыраған адамдарда, жыныс бездерінің гипофункциясы, потенциясының төмендеуі, туғанға дейінгі жүктілік кезеңде бұзылуы және басқалар дамиды.