Пять модулей: концептуальный, диагностико-консультативный, коррекционно-развивающий, лечебно-профилактический, социально-педагогический.
Концептуальный модуль раскрывает сущность медико-психолого-педагогического сопровождения, его цели, задачи, содержание и формы соорганизации субъектов сопровождения.
Диагностико-консультативный модуль подразумевает составление программы изучения ребенка различными специалистами (педагогами, психологами, медицинскими работниками, педагогами-дефектологами) и консультативная деятельность.
Коррекционно-развивающиий модуль на основе диагностических данных обеспечивает создание педагогических условий для ребенка в соответствии с его возрастными и индивидуально-типологическими особенностями,своевременную специализированную помощь в освоении содержания образования и коррекцию недостатков в психическом развитии детей с ЗПР, способствует формированию универсальных учебных действий у учащихся.
Социально-педагогический модуль нацелен на повышение уровня профессионального образования педагогов; организацию социально-педагогической помощи детям и их родителям.