Өсімдіктерді клондау арқылы микрокөбейтудің барлық процестерін 4 кезеңге бөлуге болады:
1. Өсімдіктердің бастапқы ұлпалардың экспланттарын in vitro өсіру. Бұл кезеңде қоректік ортада инфекциядан таза ұлпаларды өсіріп, олардың тіршілігін сақтап, экспланттардың тез өсуін қол жеткізу керек. Өсімдіктерді көбейтуде жетістікке жету, экплантты дұрыс таңдап алудан басталады, бұл кезде донорлық өсімдіктің өсу фазасы және өсу жағдайларын ескеру қажет.
2. Нақтылы микрокөбейту кезеңі, яғни эксплантта бастама клеткалар (инициальдар) санын көбейтіп, олардың өркендердің пайда болуына жағдай жасау.
