Әлихан Бөкейханның ғылыми-зерттеу жұмыстары. Сапалы білім мен ұзақ жылдардағы ғылыми-практикалық жұмыс тәжірибесі Әлихан Бөкейханға көрнекті энциклопедист-ғалым болып қалыптасуына, Қазақстан мен оған шекаралас елдердің тарихы мен мәдениетін және экономикасын терең меңгеруіне игі әсер етті. Сонымен қатар тұңғыш абайтанушы да болды. Ол қазақ халқының мал және егін шаруашылығын алғаш жан-жақты зерттеген көрнекті ғалым. Ә. Бөкейхан қазақ халқының ауыл шаруашылығын дамытуға зор көңіл бөлді. Ол қазақтардың ірі қара малы мен қой тұқымы жайында көптеген еңбектер жазды.
Оның ғылыми еңбектері бүгінгі күні өз құндылығы мен маңызын жойған жоқ.
Ол императорлық Орыс географиялық қоғамы Батыс Сібір бөлімшесінің мүшелігіне өтті. 1902 жылы Орыс географиялық қоғамы Семейдегі бөлімшесінің ашылуына өз үлесін қосты. «Известия», «Записки» және «Отчеты» басылымдарына мақалалар жариялап тұрды. Ф. А. Брокгауз бен И. А. Ефронның «Жаңа энциклопедиялық сөздігі» жұмысына қатысты.
Оның алғашқы ірі монографиялық ғылыми еңбегі қазақ халқының көне заманнан бүгінгі күнге дейінгі тарихына арналды. Бүл кітап «Ресей. Біздің Отанымыздың толық географиялық сипаттамасы» көптомдық жинағының 18 томы болып, 1903 жылы Санкт-Петербург қаласында жарық көрді. Тарихи-этнографиялық «Қырғыздар (қазақтар)», «Сұлтан Кенесары Қасымов тарихы жайлы материалдар», «Қарқаралы уезі қырғыздарының (қазақтарының) рулық құрылымы», «Абай (Ибраһим) Құнанбаев», «Қырғыздардың (қазақтың) ас беруі жайында» т.б. еңбектері шықты. Ә. Бөкейхан кейінгі ұрпаққа жалпы көлемі 16 томнан тұратын мол ғылыми-публицистикалық мұра қалдырды.
Әлихан Бөкейхан білікті журналист, публицист, ағартушы. Әлиханның алғашқы мақалалары Омбы техникалық училищесінде оқып жүрген 1889 жылы жарық көрді. Омбыда басылатын «Дала уәлаяты» газетінде жиырмадан астам мақалалары мен фельетондары шықты.
Ол «Дала өлкесі», «Семей облыстық ведомстволары», «Қырғыз даласының газеті» және «Түркістан ведомстволары» газеті жұмысына қатысып тұрды. Оның мақалалары Мәскеу, Омбы, Томск және Семей қалаларында шығатын либералдық бағыттағы газеттерде жарық көрді.
Әлихан Бөкейхан «Қазақ» газетін ұйымдастыруға зор еңбек сіңірді. Газет беттеріне оның мақалалары қазақ және орыс тілдерінде басылып шықты. Патша үкіметі тарапынан қуғынға ұшырағандықтан, ол мақалаларына «Қыр баласы», «Ғали хан», «Қырғыз-қайсақ» т.б. лақап аттар қойып отырды. Ол өз мақалаларында қазақ халқын отарлық езгіден азат ету, тарих пен мәдениет, әлеуметтік жағдай, саясат пен халық ағарту ісі мәселелерін көтерді.
