1856 жылдың желтоқсан айында Сыр бойы қазақтарының Ресейге қарсы қарулы көтерілісі басталды. Бұған түрткі болған себеп ресейлік солдаттардың жергілікті үш қазақты кірпіш зауытының пешіне тірідей жағып жіберуі еді. Көтеріліске шыққандардың жалпы саны 3 мың адамға дейін жетті. Көтерілістің орталығы бұрынғы хан ордасы орналасқан Жаңақала болды. Көтерілісшілердің басым көпшілік бөлігі жаяу адамдар еді. Олардың қару-жарағы жер өңдейтін кетпен мен ұзын сапты шот, сойыл, садақ, найзалардан құралды. Оқ ататын азғана мылтықтары да бар еді. Жанқожа батыр жедел қимыл жасай алатын бірнеше топ құрды. Олардың әрқайсысының қатары 150-200 адамнан тұрды. Көтерілісшілер жасағы Қазалы маңына, Перовск бекінісіне таяу жерлерге орналастырылды да, белгі берілген кезде күтпеген жерден бірден лап қойып, шекара шебіне шабуылға шықты. Қарсыластар тарапынан адам күші елеулі шығынға ұшырады.
1856 жылғы желтоқсан айының аяқ кезінде Қазалы қамалы қоршауға алынды. Жергілікті тұрғындар барлық бөленің басы осы қамалда жатыр деп ойлайтын. Көтерілісшілердің саны 5 мың адамға жетті. Бұларға қарсы Фитингофтың отряды шабуылға шықты. 300 казак, 320 жаяу солдаттан құралған жазалаушылар отряды зеңбіректермен қаруланған болатын.
Жазалаушы әскер мен көтерілісшілер арасындағы шешуші шайқас 1857 жылы қаңтарда Арықбалық шатқалында өтті. Көтерілісшілерді жігерлендіру үшін олардың алдында желбірете ақ ту ұстаған Жанқожа батыр келе жатты. Бірақ батырдың нашар қаруланган жасағы от шашқан зеңбіректің снарядына және мылтықтың қалың оғына төтеп бере алмады. Көтерілісшілер қосыны басып алынды, мал-мүлкі талан-таражга түсті. 20 мың бастан астам малы айдап әкетілді. Көтерілісшілердің бытыраңқы топтары Қуаңдарияға қарай шегініп кетті, одан әрі Бұхара мен Хиуа асуға мәжбүр болды.
Көтерілістің жеңілуі. Көтерілістің негізгі күштері жеңілгеннен кейін Жанқожа батыр Хиуа ханына өтініш жасап, хандықта тұратын қазақтардан, қарақалпақтардан және түрікмендерден әскери жасақ құрап беруді сұрады. Ондағы ойы Қазалы қамалына қайтадан шабуыл жасау еді. Бірақ Хиуа ханы оның өтінішін қабыл алмады, Жанқожа батырдың күшейіп кетуінен қорықты.
Патша үкіметінің әскери әкімшілігі Жанқожа Нұрмұхамедұлының көзін жою үшін арнаулы жазалаушы әскер жіберді. 1860 жылы жазалаушы әскер Қызылқұмның ішіндегі Жанқара көлінің басында отырған Жанқожа батырдың ауылын қоршауға алды. Қанды шайқастың барысында Жанқожа батыр жазалаушылардың оғынан қаза тапты. Батырдың өмірден өтер кездегі соңғы сәтін Л. Мейер былай деп суреттейді: «Қарт батыр оқ өтпейтпін сауытын киіп, қару-жарағын асынып, үйінен шығып үлгерді. Бірақ аты жоқ екен. Ажалымның жеткен жері осы екен деп, ол бір төмпешіктің үстіне аспай-саспай шығып алды да, өз иманын өзі үйіріп, дұға оқи бастады... зулаған оқтар... көпке дейін оның сауытынан өтпей, тайқып ұшып, кері түсіп жатты. Ақырында бір оқ оның мойнына дәл тиіп, қарт батырдың өмірін қиып кетті». Жазалаушы отряд көтерілісшілердің ауылдарын ойран сала шауып, аяусыз тонады, үйлерді өртеп, малдың бәрін айдап әкетті. Көтеріліске белсене қатысқандар жазалау шаралары кезінде қаза тапты. Мал-мүлкі түгел тоналған шектілер ашаршылыққа ұшырады. Олардың бір бөлігі Хиуа хандығы жағына өтіп кетті, енді бір бөлігі әскери бекіністерге қайта оралып, аштан қырылып қалмаудың қамын жасады. Жанқожа батырды оның парасаттылығы мен ержүрек батырлығы үшін орыс әскерилерінің өздері де қатты сыйлайтын. Сыр бойының қазақтары оны қасиетті адам деп санайтын. Халықтың сүйікті ұлы болған оны зор құрметпен жерледі.