Практикалық жұмыс hyperchem бағдарламасының дайын файылдарымен жұмыс

№4
Практикалық жұмыс 
HYPERCHEM бағдарламасының дайын файылдарымен жұмыс 
Бұл зертханалық жұмыста қалыптасатын дағдылар: 
• HYPERCHEM бағдарламасын қосу;
• Тышқанды пайдалану; 
• HYPERCHEM терезелерімен жұмыс; 
• HYPERCHEM мәзірін қолдану; 
• файлдарды ашу; 
• молекулаларға белгілер беру; 
• молекулалардың әртүрлі көріністерін алу;
• HYPERCHEM бағдарламасын жабу. 
HYPERCHEM бағдарламасымен жұмысты бастау: 
1. Монитор бетіндегі «пуск WINDOWS» түймесін бас. 
2. Тышқан бағдарын "Программ"-ға қойып, HyperChem Professional 
бағдарламасының үстінен бас. HYPERCHEM бағдарламасы ашылады. 
HYPERCHEM бағдарламасының терезесі: 
Атау сызығы 
– title bar- тереземен жұмыс жасағанда, файлдың атауын 
көрсетеді. Сақталмаған файлмен жұмыс жасағанда 
untitled 
жазуы жазылып 
тұрады. 
Мәзір сызығы - Menu bar – HYPERCHEM 
бағдарламасындағы әртүрлі 
мәзірлердің атаулары берілген
: File, Edit, Build, Select, Display, Databases, 
Setup, Compute, Script, Cancel және Help. 
Аспаптардың планкасы 
–Toolbar. 
Сол жағында сегіз аспаптардың түймелері берілген. Оларды, атомдар мен 
молекулаларды шығаруға, таңдауға, көрсетуге және орындарын ауыстырып 
қозғалту үшін қолдануға болады. Оң жағындағы түймелермен файлдарды 
оқуға және жазуға, құрылымдық формулаларды көшіруге және коюға, 
қажетті кезінде көмек шақыруға болады. 
Жұмыс кеңістігі – workspace 
- HYPERCHEM бағдарламасындағы нақты 
уақыттағы молекулалық жүйені көрсетеді. 

Мәлімет сызығы - status line –
нақты уақытта көрсетіліп тұрған 
молекуладағы атомдардың саны туралы ақпаратты және градиент немесе 
энергия мәндерінің есептеулерін көрсетеді. Мәзірдегі кез-келген бөлімді 
таңдағанда, бөлімнің қысқаша мазмұны мәлімет сызығына шығады. 
Көмек – Help 
- диалогтық көмек алу. 
Бақылау мәзірінің түймесі –Minimaze/Restore -
түймелерінде 
HYPERCHEM бағдарламасының өлшемін, орнын өзгертуге және терезесін 
жабуға арналған нұсқаулар бар. Сонымен бірге WINDOWS-тің басқа 
бағдарламасына кіру үшін, 
Exit
– шығыу нұсқауы да бар. 
Maximize -
үлкейту
– шегіне дейін үлкейтетін батырма. 
Тышқанды қолдану 
Сізге HYPERCHEM-мен негізінен тышқанды қолданып жұмыс істеген 
тиімді. Тышқанды қозғалтсаңыз терезедегі мезгегішке қозғалысы сәйкес 
келеді. Келесі терминдер HYPERCHEM-де тышқанды қолдануды суреттейді: 
Point
- 
HYPERCHEM-нің 
терезелерінде 
таңдауыңызды 
мезгегіш 
көрсететіндей етіп тышқанды қозғалтады. 
L-басқыш
– тышқанның сол жағындағы батырмаларын басуға және жіберуге 
болады. 
R-басқыш
– тышқанның оң жағындағы батырмаларын басуға және жіберуге 
болады. 
Әдетте, 
R
-шерту 
L
-ға қарағанда қарама-қарсы шерту нәтижесін береді. 
Қос басқыш
– тышқанның сол жақтағы батырманы жылдам екі рет басады. 
L-алмастыру
немесе 
R-алмастыру
– тышқанның сол немесе оң 
батырмаларын басып отырып, жұмыс кеңістігінде мезгегішті жаңа позицияға 
қозғауға болады. Содан соң тышқанның батырмаларын жібереді. 
HYPERCHEM-нің мегзегішті қалай өзгеретінін тексеріңіз
: 
1.
Аспаптардағы
Draw
– суретінің үстіне қойып, L-шертпе жасаңыз. 
Мезгегіш аспаптағы суреттің пішінін өзгертеді. 
2.
Жұмыс кеңістігіне
мезгегішті апарыңыз. 
3. Аспаптағы 
Selection
– суретінің үстіне қойып, L-шертпе жасаңыз. 
4. Жұмыс кеңістігіне мезгегішті апарыңыз. 
Аспаптағы 
Selection- суретінің пішінін өзгертеді. 
5. Мезгегішті Select - суретіне қайтадан апар. 
Мезгегіш қайтадан стрелкаға аусады. 
Файл – File-үлгісін ашу 
Молекулалармен әртүрлі тәсілдерде жұмыс істеуге болады: 
• Молекуланың (2-D) екі өлшемді нобайын аспаптар және олардың өңдеуіш 
құралдарын пайдалана құрып, содан соң оны (3-D) үш өлшемді нұсқаға үлгі- 
Model Builder 
құрылысшысын пайдаланып, жұмыс кеңістігінде түрлендіре 
аласыз;

• Амин қышқылдары мен нуклеотидтардың тізімдерінен молекулаларды 
дәйекті түрде таңдай отырып, белоктарды және нуклеин қышқылдарын 
салуға болады; 
• (HIN ) немесе (ENT) сақталған файлдарды оқу. 
Бұл жаттығуда HYPERCHEM-гі жұмыстармен танысасыз және 
HIN
файлын қарастырамыз. 
HIN
файлын ашу: 
1. Тышқанның бағдарын терезенің бас жағындағы мәзірдің
File-
на апар; 
2. 
File-
ға L-шертпе жаса. 
File
-дің мәзірі ашылады. Тақырыптардың тізімі шығады. Бұл, мәзірдегі 
тақырыптарды таңдағаныңызда диалог ұяшығының ашылатындығын 
білдіреді. 
3. 
Open-
ға L-шертпе жасаңыз. 
File
-дің диалог ұяшығы ашылады: 
Диалогтық ұяшықтың ортасынан файлдар тізімдерін көруге болады. 
Файл тізімдеріне шолу: 
1.
Мезгегішті ұяшықтағы тізімге апарыңыз.
2.
Л-жылжытқыштың көмегімен жоғары және төмен немесе солға және 
оңға қозғалта отырып, тізімдегі файлдардың атауларымен танысыңыз.
Анықтаманы өзгерту 
Егерде сіз іздеген файл анықтама тізімінде болмаса, онда басқа 
анықтамалардың тізімдерінен немесе дисклерден қарауға болады.

Файлдарды таңдау:
1.
Ұяшықтағы файлдар тізімінің Samples/Aromatic директориясына кіріп,
С60. hin
-ға L-шертпе жасаңыз. 
Назар аударыңыз: Іздеп отырған файлыңыздың атын 
File Name-
ға жазып 
та, өзіңізге қажетті файлыңызды тауып алуға болады.
Қажетті файлыңызды шерткен кезде 
File
диалогының төменгі жағындағы 
ұяшықтың ашық жерінде сол файл туралы мәліметтер шығады.
Open-
түймесіне L-шертпе жасаңыз. 
Диалог ұяшығы өшеді. Мезгегіштің бейнесі жуық арада құм сағатының 
бейнесіне алмасып, HYPERCHEM сол файлда бір нәрсені оқып тұрғанын 
білдіреді. HYPERCHEM файлды оқып тұрғанда, HYPERCHEM терезесінің 
астында атомдар саны шығады. Молекула бейнесі көрінеді: 

Назар аударыңыз: Файлды қатарынан екі рет шертіп те ашуға болады. 
Display 
мәзірін пайдалану
. 
Мәзірді ашу: 
1. Display-дің үстінен L-шертпе жасаңыз. 
Display мәзірі ашылады: 
Белгілерді қолдану 
Егерде молекула белгілерімен шықса, онда оларды өшіріңіз: 
Белгілерді өшіру: 
1. Labels-қа L-шерпе жасаңыз. 
Labels-тің диалог ұяшығы ашылады. Автоматты түрде белгі None-де тұрады. 
2. OK-ға L-шертпе жасаңыз. 
Диалог ұяшығы жабылып, молекуладағы белгілер өшеді. 
Белгілерді қолдану: 
1.
Labels
-қа L-шертпе жасаңыз. 
Диалог ұяшығының белгілері шығады. 
2. Атомдағы 
Symbol 
белгісін белгілеңіз де, OK-ді басыңыз. 
Диалог ұяшығы жабылып, молекула атом таңбаларымен белгіленеді. 
3. 
Display 
мәзіріндегі
Labels
-ті таңдаңыз. 
Labels-тің диалог ұяшығы ашылады. Автоматты түрде белгі None-де тұрады. 
OK-ға L-шертпе жасаңыз. 
Диалог ұяшығы жабылып, молекуладағы белгілер өшеді. 

Әртүрлі үлгіде молекулаларды шығару. 
Молекулалық жүйені көрсеткеде молекулалардың әртүрлі үлгілерін 
қолдануға болады. 
Молекула үлгісін өзгерту: 
1. Display мәзіріндегі Rendering-ні таңда. 
Rendering-нің диалог ұяшығы ашылады. 
2. Тізімдегі Balls-ті таңда. Balls парағының қасиетін көрсетіу үшін, кестенің 
бас жағындағы Balls атауының үстінен шерт.
3. Егерде 
Shading-
де белгі тұрса (атаудың қасында 
٧ 
белгісі тұрады), онда 
белгіні өшіру үшін үстінен шертеді. Одан кейін OK-ді басыңыз. 
Бұл біркелкі мөлдір, мониторға жылдам шығатын молекулалардың 
көріністерін береді.
4. Rendering диалог ұяшығын қайталап ашыңыз. Spheres-ті таңдаңыз, содан 
кейін OK-ді басыңыз. 
Бұл бізге молекуладағы атомдарды және сфералардың қиылысқан жерін 
көру үшін, молекуланың штрихталған сфера түрінде толық көрінісін береді.

5. Display мәзіріндегі Rendering диалог ұяшығын қайталап ашыңыз.
6. Sticks Dots& таңдаңыз. OK-ді басыңыз. 
Бұл бізге молекуланың көлемі мен салыстырмалы формасының тамаша 
көрінісін береді. 
7. Display мәзіріндегі Rendering диалог ұяшығын қайталап ашыңыз. 
8. 
Balls and Cylinders 
таңдаңыз.
9. Алдыңғы таңдауларға қайтадан келу үшін, пернетақтадағы [F2] 
батырмасын бас. Бұл- Display мәзіріндегі 
Last Rendering-
нің эквивалентті 
таңдауы.

10. Rendering диалог ұяшығын қайталап ашып,
Sticks-
ті таңдаңыз. OK-ді 
басыңыз. 
Молекула бастапқы сызба кейіпіне келеді. 
HYPERCHEM-нан шығу: 
1. File мәзіріндегі Exit таңдаңыз. 
Егер программа файлдың өзгертілгенін ескертсе, онда "No"-ді басыңыз. 
Терезе жабылады. 
Зертханалық жұмысты өңдеу 
1.
Зертханалық жұмыстың атауын және мақсатын жазыңыз. 
2.
Зертханалық жұмыстың орындалу әдісін жазыңыз. 
3.
Зертханалық дәптерге орындалған тапсырманы өңдеп түсіріңіз. 
Тапсырма 
Жұмыстың барысымен танысыңыз. Орындалған тапсырмаларды 
көшіріп, параққа шығарып алыңыз да, зертханалық дәптеріңізге 
жапсырыңыз.
Бақылау сұрақтары: 
1.
HYPERCHEM бағдарламасында молекулалардың моделдерін құру 
және құрылған молекулаларды өңдеу; 
2.
Молекулалық моделдердің геометриялық параметрлерін анықтау; 
3.
Атомдардың сипаттамалары туралы ақпараттар алу; 
4.
Химиялық формулалардың түрлері.