Шағын жинақты мектептегі оқу-тәрбие үдерісін ұйымдастырудың артықшылықтары: - сабаққа дайындалуда оқытушы шектен тыс жүктеме орындайды, басқаша айтқанда, бір сыныппен жұмыс істегенде сабақтың мақсаты, логикалық құрылымы оқушы мен оқытушыға бірдей, ал бірнеше сыныппен жұмыс істеуде бір сабақ әрқайсысы бір сабақ ретінде бірнеше кішкентай сабақтардан тұрады да, мұғалім бір күнде 8-16 сабаққа, оның әр бөлігін санағанда, 32-40 сабақшаларға, олардың логикалық байланысы әр кезеңнің мақсаты мен міндетіне қарай уақытында тиянақты дайындалуы қажет;
- мұғалімнің зейіні екі немесе одан да артық сынып оқушыларына бөлініп отырады, себебі бір сабақтың үстінде мұғалім әр түрлі жастағы, ой-өрісі мен білім дәрежесі әр түрлі оқушылармен жұмыс жүргізеді, сондықтан ол балалардың психологиясын жақсы білуі тиіс;
- мұғалімдер ұжымының аздығына қарай, әрбір мұғалімнің шығармашылық белсенділігінің артуына жол болмайды, яғни, шағын жинақты мектептер орта мектептерден алшақ орналасады, сондықтан мұғалімнің басқа оқытушылардың сабақтарына қатысып, араласу, тәжірибе алмасу, үлгі алу мүмкіндіктері аз болады, шыңдалудан гөрі жауапкершіліктері төмендеп, сабақ тиімділігін төмендету қаупі туады;
- мұғалім әрбір сыныппен сабақтың белгілі бір бөлігінде ғана жұмыс жасауға мүмкіндігі бар, ал қалған уақытта тек оқушылардың өздік жұмысын ұйымдастыруға, оны басқаруға ғана жұмсалады, сол үшін мұғалім сабақ барысында ұйымдастырылатын өздік жұмыстардың мазмұнын, көлемін, оларды орындау әдіс-тәсілдерін түрлендіріп, оқушылардың білім деңгейіне, жас ерекшеліктеріне, орындау жылдамдықтарына қарай лайықтап, орындау уақытын белгілеп, оны тиянақты пайдалануды ойластыруы қажет. Өз бетімен жұмысты орындау әрбір оқушыға түсінікті болуы керек және де көрнекі құралдар, карточка, перфокарта, дидактикалық материалдар саны барлық балаларға жететіндей болуын қадағалау керек;
- біріктірілген сыныптарда мұғалім бір сыныпқа сабақтың жарты уақытын ғана жұмсайтындықтан, көбінесе, әдебиет пәнінде (6-8 және 7-9 сыныптар) қиынға соғады. Өйткені берілген тақырыптар аумақты, сондықтан уақыт жетіңкіремейді;
- өзіндік жұмысты орындау барысында оқушылар мұғалім тарапынан жеткілікті мөлшерде көмек ала алмайды;
- белгілі бір жастағы балалар болмағандықтан, ұжымдық жұмыс ұйымдастыруға мүмкіндік жоқ;
- оқушылардың өздік жұмысы басқа сынып оқушыларының шуылы, кедергі жасауы барысында жүргізіледі, мұның өзі оқушының тапсырманы түсіне отырып орындауына кері әсер етеді;
- оқушылар, әсіресе, бастауыш сынып оқушылары көпке дейін өз ойын ашық айтуға, қандай да бір мәселені ауызша талдауға, өзгенің талдауын, талқылауын, ойын тыңдаудан кенде, кейін қалады;
- бір мезгілде бірнеше сынып жұмыс істейтін шағын жинақты мектепке арналған оқыту әдістемесінің жасалмаған;
- шағын жинақты мектепте сабақ өздік жұмыс арқылы ұйымдастырылады, ал өздігінше жұмыс істеу әдісі бүгінгі күнге дейін кең қолданыс таппаған;
- шағын жинақты мектеп мұғаліміне арнап жазылып, баспадан шыққан әдістемелік және көрнекілік құралдары өте аз, сонымен бірге шағын жинақты мектептердің кітапханалық қоры нашар.