Ауыз қуысының бактериялармен алғашқы ластануы перзент туылып жатқанда туу жолдарында болады. Біріншілік микрофлора: лактобациллалар, энтеробактериялар, коринебактериялар, стафилококтар және микрококктар. Туғаннан 2-7 тәуліктен кейін бұл микрофлораға анасының ауыз қуысындағы тіршілік ететін және перзентхана бөлімшесінің қызметкерлерінің бактериялары қосыла бастайды. Нәресте өмірінің алғашқы айларында ауыз қуысынан аэробты және факультативті анаэробты бактериялар табылады. Ал қатаң анаэробтардың болмауы нәрестелерде тіс қатарының жоқтығымен байланысты, онсыз анаэробтарға тіршілік ету жағдай тумайды. Нәрестенің осы тіршілік ету кезеңінде ауыз қуысынан стрептококктарды, әсіресе S. salivarius, лактобактерияларды, нейссерияларды, гемофилдерді, ашытқы тәріздес кандида саңырауқулақтарын табуға болады, олардың саны 4-ші айлық кезінде шегіне жетеді. Ауыз қуысының шырышты қабығының қатпарлы бөлігінде бірен - саран анаэробтар (вейлонеллалар, фузобактериялар) кездесуі мүмкін.
Спирохеталар және бактериодтар ауыз қуысында 14 жаста ғана пайда болады, ол жас ерекшелігіне байланысты ағзадағы гормоналды өзгеріске байланысты.
Ересектерде ауыз қуысы микрофлорасының өзгеруі стомотологиялық аурулармен байланысты, немесе тістің түсуімен және алмалы протездердің қойылуымен, немесе дисбактериозбен жүретін оргонизмнің жүйелік ауруларымен байланысты. Алмалы протездер қойылған кезде микрофлора құрамы мүлдем өзгереді. Протездің астында шырышты қабығының созылмалы қабынуы пайда болады - протезді стоматит.
Созылмалы қабыну барлық аймақтарда және протез тұрған жерде жүреді. Бұл сілекей бөлу қызметінің бұзылысынан, сілекейдің рН және ионды құрамының өзгеруінен, шырышты қабығының беткейінде температурасының 1-2 С жоғарылауынан ж.б. болады. Алмалы протезді көбінесе иммундыбиологиялық реаквілігі төмен және қосымша аурулары (гипертония, қант диабеті ж.т.б.) бар қарт адамдар жиі пайдаланатындықтан, ауыз қуысының микрофлорасы құрамының өзгеруі заңды жағдай десекте болады.