Сабақтың мақсаты: студенттерге ncbi сайтымен жұмыс істеу және кілт сөздермен және кеңейтілген іздеу Сабақтың жоспары
жүктеу/скачать 308,03 Kb.
|
1 2
- Бұл бет үшін навигация:
- биоинформатике
- Зертханалык жұмыс 1. Тақырып: Тізбектерді іздеу. Сабақтың мақсаты
- Сабақтың жоспары
| Кеңейтілген іздеу режимі
1. Алдыңғы бетке оралыңыз – іздеу нәтижелеріне. Бұл жағдайда жүйе hemoglobin сөзі кез-келген өрісте кездесетін жазбаларды тапты. Бұл тәсілмен көптеген маңызды емес нәтижелердің ішінен қажетті дәйектілікті табу қиынға соғады. Неғұрлым икемді іздеу мүмкіндіктері кіріс өрісінің астындағы Advanced сілтемесі арқылы өтуге болатын кеңейтілген режимді ұсынады (оны жаңа қойындыда ашыңыз). Кеңейтілген режимде сіз іздеген сөздердің қай өрістерде кездесетінін көрсете аласыз. Hemoglobin сөзі бар жазбаларды тек тақырыптан табуға рұқсат етіңіз. Бірінші ашылмалы тізімнен тақырыпты таңдаңыз, оның жанындағы енгізу өрісіне Hemoglobin енгізіңіз. Іздеу нәтижелерін көру үшін іздеу немесе Enter пернесін басыңыз. Бұл жағдайда және алдыңғы жазбаларда табылған жазбалардың санын салыстырыңыз. 2. Жетілдірілген режимде адамның гемоглобиніне сәйкес жазбаларды іздеңіз. Қосымша іздеу жолағын және AND логикалық операторын пайдаланыңыз. Перед каждой дополнительной строкой можно установить один из трех логических операторов:
3. Адамнан басқа барлық эукариоттардың гемоглобиніне сәйкес келетін жазбаларды өзіңіз іздеңіз. ("Эукариот" сөзінің дұрыс емлесін қайдан қарау керектігін өзіңіз болжап көріңіз.) Дұрыс орындалған іздеу шамамен 10000 нәтиже береді. 4. Дәл осындай нәтижелерді әдеттегідей іздеу сұрауының арнайы синтаксисін қолдану арқылы алуға болады (оны сұрау нәтижелерін көрсету кезінде іздеу жолағында көруге болады), мысалы: (Hemoglobin[Title]) AND Homo[Organism] Өрістердің атаулары кілт сөздерден кейін бірден төртбұрышты жақшада көрсетіледі, жақшалар операторлармен бірге элементтерді логикалық топтастыруға қызмет етеді. Бұл синтаксисті пайдалану көбінесе "тышқанға бағытталған" интерфейске қарағанда қарапайым және жылдамырақ, кейде тіпті қажет емес, өйткені келесі тапсырманы орындау арқылы сенімді бола аласыз. Іздеу синтаксисін пайдаланып, адам мен бұқаның (BOS) глобин ақуызын (жазба атауындағы глобин сөзі) іздеу үшін сұрау жасаңыз. Логикалық операторлардың дұрыс қолданылуына назар аударыңыз. Содан кейін кеңейтілген режимде де солай жасаңыз (advanced сілтемесі бойынша). Нәтижелерді сәйкестендіріңіз. Айырмашылықтардың себебін табыңыз. Дұрыс орындалған іздеу 200-ге жуық нәтиже береді. Әдебиет
Адамнын гемоглобин және т.б . организмдердің ақуыз салыстырыныз (Bos taurus, ) Зертханалык жұмыс 1. Тақырып: Тізбектерді іздеу. Сабақтың мақсаты: студенттерге NCBI сайтымен жұмыс істеу және ақуыздарды жұптык теністіру әдістерімен салыстыру үйрету. Сабақтың жоспары: 1. АҚШ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығының порталы: ncbi.nlm.nih.gov таңысу 2. Жұптык теңістіру әдістерімен жұмыс істеу таңысуы жүктеу/скачать 308,03 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|
1 2