1858 — 1859 жылдардағы Шоқанның Қашғарияға сапары ғалымдық, ағартушылық саласындағы еңбегінің жаңа белеске көтерілуіне жол ашты. Қашғария ол кезде Ресей тарапынан зерттелмеген өлке болатын. Саудагер ретінде Қашғарияға құпия барған Шоқан, өлкенің экономикалық саяси құрылымын зерттеп, оның тарихы мен этнографиясынан көптеген материалдар жинайды. Қашқарияға сапарынан «Алтышаһардың, яғни Қытайдың Нан лу уәлаятының шығыстағы алты қаласының жайы»атты еңбегі дүниеге келді. Бұл Шығыс Түркістан халықтарының тарихына, әлеуметтік құрылысына арналып, сол заман ғылымының биік деңгейінде жазылған әлемдегі тұңғыш зерттеу жұмысы еді.
Өлкетану өрісі
Ұлытау-Жезқазған өңіріне сапар шегіп, Алаша хан мазары, Жұбан ана кесенесі, Аяққамыр күмбезі секілді сәулет ескерткіштеріне сипаттма берген. Ер Едіге, Қойлыбай бақсы, Байғозы, Жаулыбай және Оразымбет (Оразай) батырлар жайлы құнды тарихи деректер қалдырған.
Шоқан Уәлиханов шығармалары
Шоқанның шығармаларын жинап бастыруда орыс ғалымдарының еңбегі аса зор. Орыс географиялық қоғамы басып шығарған Шоқан шығармаларына жазған алғы сөзінде академик Николай Иванович Веселовский:
«Шоқан Уәлиханов Шығыстану әлемінде құйрықты жұлдыздай жарық етіп шыға келгенде, орыстың Шығысты зерттеуші ғалымдары оны ерекше құбылыс деп түгел мойындап, түркі халқының тағдыры туралы онан маңызы зор, ұлы жаңалықтар ашуды күткен еді. Бірақ Шоқанның мезгілсіз өлімі біздің бұл үмітімізді үзіп кетті!» деп жазды.
Бірақ ол сол аз ғұмырында адам қабілетінің ғажайып мүмкіндіктерін, гуманизмнің биік өресін, ұлтжандылықтың жалтақсыз үлгісін, ғылыми қабілет пен алғырлықтың қайран қаларлық өнегесін барша болмысымен, нақтылы іс әрекетімен дәлелдеп үлгерді.[5]
Шоқаннан қалған мұраның бірі бейнелеу өнері туындылары. Олар Шоқанның осы өнер саласында қазақтың тұңғыш профессионал суретшісі болғанын дәлелдейді. Ғалым негізінен портрет, пейзаж және халықтың тұрмыс салтын бейнелеумен айналысты. Одан 150—дей сурет қалған.