Кадет корпусын 1853 жылы он жеті жасында бітірген Шоқан Батыс Сібір генерал губернаторының кеңсесінде қызметке қалдырылады. Бір жылдан кейін Батыс Сібір мен Қазақстанның солтүстік шығыс аудандарын басқаратын генерал губернатор Гасфорттың адьютанты болып тағайындалады. Осы қызметті атқара жүріп, ол Орта Азия халықтарының тарихын, этнографиясы мен жағрафиясын зерттеуге белсене араласады. 1854 жылы кадет корпусындағы ұстазы Костылецкийдің өтініші бойынша көрнекті шығыстанушы, Қазан университетінің профессоры Н.И.Березиннің тапсырмаларын орындайды.
Орынбор
Уәлиханов (солдан) мен Достоевский (оңнан) 1858 жылда
Орынбор
1855 жылы Батыс Сібір генерал-губернаторымен бірге Семей, Аягөз, Қапал арқылы Алматыға дейін келіп қайтады. Осы сапарында қазақ, қырғыз, ауыз әдебиетінің үлгілерін, тарихы мен этнографиясының материалдарын жинай жүреді. Бұл материалдар негізінде кейін ол «Тәңірі (құдай)», «Қазақтардағы шамандықтың қалдығы» деген еңбектер жазады. Сол сапардан кейін оның әскери лауазымы бір сатыға жоғарылап, поручик шенін алады.
1856 жылы полковник М.М. Хоментовский басқарған әскери-ғылыми Ыстықкөл экспедициясына қатысып, қырғыз елін жете зерттейді. Қырғыздар мен Ұлы жүз қазақтарының тарихы, этнографиясы жайлы мәліметтер жинайды, ауыз әдебиетінің нұсқаларын жазып алады. Әлем ғалымдары арасында тұңғыш рет "Манас" эпосының ең шұрайлы бөлігі "Көкетай ханның ертегісі" жырын жазып алады.
ғалым
этнограф
ориенталист
тарихшы
географ
фольклортанушы
«Саяхат» «Манасты» «Қырғыздар туралы жазбалар» «Көкетай ханның асы» «Жоңгария очерктері» «Абылай» Шоқан әдебиет,оның теориясы мәселелері жөнінде қазақ поэзиясының халықтық сипаттары жайлы тың ой- пікір білдіреді. Сонымен бірге,қазақ поэзиясының жанр,түр,өлең құрылысын зерттей келе,мұны орыс ғалымдарына таныстыруды мақсат тұтқан.