1918 жылы қаңтарда Түркістан автономиясының алғашқы үкімет басшысы М.Тынышбаев өз еркімен жұмыстан босағанда, М.Шоқай осы қызметке сайланады. Большевиктер бұл автономияны ақпанда қанды қырғынмен таратты. 1918 жылы қыркүйекте қайраткер Самарада бас қосқан Ресейдің азаттық жолындағы күрескерлерінің Құрушы мәжілісіне (Комуч) қатысады. 1919 жылы ақпанда Түркістан мемлекеті бағдарын одан әрі қозғау үшін Бұхар әмірлігі мен Закаспийдегі ағылшын корпусы басшылығымен келіссөзге Ашхабатқа келеді. Сол жылы Баку мен Тифлисте сәл аялдап, (гүржі жерінде «Яни дүния», «Шафак» атты газеттер шығарысып, «Вольный горец» басылымына атсалысады) Ыстамбұлга аттанады.
