Қылмыстық құқық жүйесі Жалпы және Ерекше бөлімдерден тұрады.
Жалпы бөлім Қазақстан Республикасының қылмыстық заңнамасының міндеттері мен принциптерін, қылмыстық жауапкершіліктің негіздерін, қылмыстық заң күшінің шектерін, қылмыстық құқықбұзушылық, кінә, есі дұрыстық және дұрыс еместік, қылмыс жасау кезеңдері, қылмысқа қатысу, ескіру мерзімі, жаза ұғымдарын; жаза түрлерін, оны тағайындау және қылмыстық жауапкершілік пен жазадан босату тәртібін және басқаларды анықтайтын нормаларды қамтиды.
Ерекше бөлім қылмыстың әрбір құрамына қатысты қылмыстық жауапкершіліктің көлемі мен мазмұнын нақтылайтын, қылмыс деп танылған іс-әрекеттердің тізбесі көрсетілген және олардың белгілерін анықтайтын нормаларды қамтиды.
Бұл екі құрылымдық бөлім өзара тығыз байланысты. Жалпы бөлімнің институттары қылмыстық құқықтың барлық жүйесінің іргетасы сияқты, себебі ол қылмыстық-құқықтық нормаларды қолданудың жалпы ережесін белгілейді. Оларды білмей Ерекше бөлімнің бір де бір бабын қолдану мүмкін емес. Мысалы, кінә дегеннің не екендігін және оның формаларын білмей, жаза түрлерін және оларды қолдану тәртібін білмей қылмыстық іс-әрекетті саралауға да, ол үшін жаза тағайындауға да болмайды. Екінші жағынан, Ерекше бөлімнің нормаларынсыз Жалпы бөлімде бекімін тапкан қылмыстық-құқықтық институттардың маңыздылығы болмайды, себебі қылмыс пен жазаңың жалпы ұғымы бойынша біреуді қылмыстық жауапкершілікке тарту мүмкін емес.
Қылмыстық құқық құқықтың басқа салаларынан оқшау тұрған жоқ. Ол өзара байланыстағы құқық салаларының бірыңғай жүйесіне кіреді, дегенмен өзінің міндеті, рөлі, құқықтық реттеу нәрсесі мен әдісі жағынан басқалардан бөлектенеді.
Қылмыстық құқық қылмыстық-іс жүргізу құқығымен тығыз байланысты. Егер қылмыстық құқық қандай іс-әрекеттің қылмыс екендігін және қандай жаза қолданылатындығын анықтайтын болса, қылмыстық-іс жүргізу құқығы қылмыстық жауапкершілікке тарту, қылмыстық істі қозғау, тергеу және сотта қарау тәртібін белгілейді, кінәлілікті дәлелдеу тәсілдері мен әдістерін анықтайды және т.б. Және де қылмыстық процесс жасалған әрекеттің қылмыстық-құқықтық бағасына толықтай бағынады. Өздерінің мазмұндары мен формалары жағынан бұл екі құқық өте ұксас.
Қылмыстық құқық сот тағайындаған жазаңың орындау тәртібі мен шартын анықтайтын қылмыстық-атқарушылық құқықпен тікелей байланысты. Қылмыстық жазалаудағы мақсатқа қылмыстық-атқарушылық құқық нормаларын іске асыру арқылы қол жеткізуге болады. Дегенмен құқықтың бұл екі салаларының арасында айырмашылық бар. Егер қылмыстық-құқықтық қатынастардың туындауына қылмыстың жасалуы негіз болса, қылмыстық-атқарушылық қатынастардың туындауына сот үкімінің шығуы негіз болады. Бұл қатынастардың заттары мен субъектілері де әртүрлі. Егер қылмыстық-құқықтық реттеудің заты, бұрын айтылғандай, мемлекет пен қылмыс жасаған адам арасындағы қоғамдық қатынас десек, онда қылмыстық-атқарушылық құқық қылмыстық жазаңы орындау барысында қалыптасатын қатынастарды реттейді. Сот қылмыс жасадың деп ай-ыптап жазаңың қандай да бір түріне сотталған адам мен қылмыстық-атқару мекемелері мен соттар арқылы көрініс табатын мемлекет қылмыстық-атқарушылық қатынастар субъектілері болып табылады.
Қылмыстық құқық әкімшілік құқықпен де жақын жанасады. Екеуі де құқық бұзушылыққа қарсы қүреседі. Қылмыстық құқықбұзушылыққа қарағанда әкімшілік құқық бұзушылықтың қоғамға қауіптілігі төмен, ол үшін қылмыстық жаза емес, құзіретті мемлекеттік орғандар немесе сот тағайындайтын әкімшілік жаза көзделген.
Қылмыстық және әкімшілік құқықтарының аса тығыз байланыстылығы Қазақ КСР-ының 1959 жылғы Қылмыстық кодексі кезінде болды (Қылмыстық жауапқа тартудың басты шарты адамның оған дейін әкімшілік жауапкершілікке тартылуы, қоғамға аса қауіптілігі жоқ адамды қылмыстық жауапкершіліктен босатып, әкімшілік жауапқа тарту ҚК-нің кейбір баптарында болды). Бұл институттар қазіргі Кодексте жоқ. Дегенмен қылмыс пен әкімшілік құқық бұзу арасын ашу, қылмыстық және әкімшілік құқықтардың әрекет ету аясын заң бойынша да, практикада да айқындап алу проблемасы күн тәртібінен түскен жок.
Құқықтың бір саласы болып табылатын қылмыстык құқықты қылмыстың құқық ғылымымен шатастырмау керек, ғылым қылмыс пен жазаңы тарихи даму тапқан құқықтык құбылыстар ретінде және қылмыстық заңнама мен оның қолдану практикасын зерделейді, бұл ретте ол зерттеудің формальдық-логикалық, диалектикалық, нақты-социологиялық және басқа әдістерін қолданады. Мемлекеттің қылмыстық-құқықтық жаңа саясаты қалыптасып жатқан бүгінгі күндері салыстырмалы-құқықтық зерттеу әдісінің ұтымдылығы жоғары, сонда ғана қылмыстық құқықтың әр елдердегі біртекті инсти-туттарын өзара салыстырып, олардың озығын таңдап алуға мүмкіндік туады.
Қылмыстық-құқықтық ғылым қылмыс жасаудың себептері мен жағдайын зерделейтін, олардың алдын алу шараларын ұсынатын криминологиямен тығыз байланыста. Қылмыскерлікпен қүресу міндеттері ортақ болғанмен бұл ғылымдардың зерттеу нәрселері де, әдістері де әртүрлі. Егер қылмыстық құқық жекелеген қылмыстык-құқықтық институттар мен қылмыс құрамдарын зерттейтін болса, криминология жалпы қылмыскерлікті зерделейді. Қылмыстық құқықтың негізгі әдісі - формальды-логикалық әдіс, ал криминологияга социологиялық, әлеуметтік-психологиялык және басқа да эмпириялық әдістер тән.
Бұл екі ғылым бірін бірі толықтырады. Қылмыстық құқық криминология оларсыз күн көре алмайтын ұғымдар береді (қылмыстық құқықбұзушылық, кінә, қылмыс субъектісі, жаза және т.б.). Ал криминология болса, қылмыскерліктің жайы мен динамикасын, қылмыс жасаудын себептері мен жағдайларын, қылмыскердің жеке басын, қылмыскерліктің алдын алу шараларын зерделей отырып құқық қорғау қызметінің тиімділігі жайында сөз етуге мүмкіндік береді, қылмыстық заңдағы олқылыктарды айқындап, оларды түзетуге көмектеседі.