- кәсіптік білім беруді ұйымдастыруға мүмкіндік жоқтығы;
- қосымша білім беру ұйымдарының және мәдени орталықтардың жоқтығы;
- арнайы ғылыми-әдістемелік кешендердің болмауы;
- мұғалімдердің, әсіресе, тәжірибесіз жас мамандардың шағын жинақты мектеп ерекшелігіне байланысты оқыту үдерісіне дайын болмауы;
- мұғалімдердің біріктірілген сыныптардағы сабаққа дайындалу, өткізу барысында шамадан тыс жүктеме орындағанына қарамастан, еңбекақыларына үстемеақы қосылмауынан, ынталарының төмендеуі;
- мұғалімдер ұжымының орташа жас көрсеткішінің жоғарылығы;
- материалдық-техникалық базаның нашарлығы;
- оқу үдерісінің интерактивті-мультимедиялық құралдармен, зертханалар мен компьютерлік сыныптармен жасақталмауы, жасақталған күнде де мұғалімдердің барлығының бірдей ондай заманауи құрылғылармен жұмыс істеуге дайын болмауы;
- сыныптағы оқушы санының аздығына қарамастан, жыл санап ҰБТ көрсеткішінің төмендігі.