Сабақ тақырыбы: «Кладограммалар мен филогенетикалық ағаштардың айырмашылығы.Кладограммалар мен филогенетикалық ағаштардың эволюциялық маңызы»
Сабақ мақсаты:
кладограмма мен филогенетикалық ағаш секілді терминдермен танысу және айырмашылығын көрсету
«The time will come, I believe, thought I shall not live to see it, when we shall have fairly true genealogical trees of each great kingdom of Nature»
Charles Darwin
Филогенетикалық ағаш. Кладограммалар
Бұл не?
Жалпы іс-қимыл жоспары?
Ағаштар салатын бағдарламалар
Филогенетикалық ағаш дегеніміз не?
Филогенез - тірі организмдердің әртүрлі топтарының туыстық қатынастарын зерттейтін биология саласы. Филогенез әдетте "эволюциялық ағаштар" немесе жүйелі атаулар түрінде көрінеді.
Филогенетика (молекулалық филогенетика) - бірдей қатынастар, бірақ жеке ақуыз (гендік) отбасылар деңгейінде.
Филогенетикалық ағаш не үшін керек?
Биологиялық міндеттер:
үш немесе одан да көп объектілерді салыстыру
(кімге ұқсас...)
эволюцияны қайта құру
(кімнен, қалай және қашан пайда болды...)
Нақты оқиғалар: Деректер: Салынған ағаш:
20.02.23
>Seq4 GCGCTGFKI
. . . . .
>Seq1 ASGCTAFKL
. . .
>Seq3 GCGCTLFKI
ACGCTAFKI
GCGCTAFKI
ACGCTAFKL
A -> G
I -> L
табиғаттағы немесе зертханадағы эволюция, компьютерлік модельдеу
деректер негізінде есептелген ағаш графигі нақты оқиғаларды көрсетуі немесе көрсетпеуі мүмкін
мысалы, Сета тізбегі немесе саны
Түйін (узел, node) - ата-бабалар тізбегін (түр, популяция) тәуелсіз дамитын екіге бөлу нүктесі.
Эволюцияны бейнелейтін графиктің ішкі шыңына сәйкес келеді.
Жапырақ (лист, leaf) - нақты (заманауи) объект; графтың сыртқы шыңы. Əр жапырақ бір тірі ағзаның түрін көрсетеді.
Бұтақ (ветвь , branch)— түйіндер арасындағы немесе түйін мен парақтың арасындағы байланыс; графиктің шеті.
Негізгі терминдер
Тамыр (корень, root) - тамыр бүкіл түрлердің ата тегін бейнелейді.
Клада (clade) - екі немесе одан да көп таксалар немесе ДНҚ тізбегі тобы, оның жалпы ата-бабасы да, оның барлық ұрпақтары да бар.
Ағаштар қандай болады?
Тамырланған ағаш (rooted tree) эволюция бағытын көрсетеді
Ашылмаған (тамырланбаған) ағаш (unrooted tree) көрсетеді тек түйіндер арасындағы байланыс
Егер жапырақтардың саны n болса, онда бар (2n-3)!!әр түрлі екілік тамырланған ағаштар.Анықтама бойынша (2n-3)!! = 1·3 ·... ·(2n-3)
Бар (2n-5)!! n жапырақтары бар әртүрлі ағашсыз ағаштар