Метаболизм өзара тығыз байланыста, сонымен бірге қарама-қарсы үрдістерді біріктіреді: анаьолизм және катаболизм. Анаболизм процесінде микроорганизмдер қоректі заттарды өз денесінің заттарын биосинтездеуге пайдаланады. Катаболизмде микроорганизмдер қоректік заттардағы энергияны өз тіршілігі үшін пайдаланады. Қоректену дегеніміз- клетка компоненттерінің биосинтезіне қажетті энергия көзін қоршаған ортадан , заттардан алу.
Қоректену түріне байланысты микроорганизмдер екі топқа бөлінеді:
Автотрофтар- өз денесінің органикалық заттарын синтездеу үшін сыртқы ортаның бейорганикалық қосындыларындағы көміртек пен азотты пайдаланатын микроорганизмдер. Оларға нитрофицирленетін бактериялар, (темір) железобактериялар, (күкірт) серобактериялар жатады. Автотрофтардың ішінде миксотрофтар бар, олар органикалық қосындылар қосындылар мен ауаның көмірқышқыл газынан көміртекті сіңіре алады.
Афтотрофтар органикалық заттарды синтездеу үшін энергия алу қасиеттеріне байланысты: фотоавтоторфтарға және хемоавтоторфтарға бөлінеді. Хемоавтотрофтар кейбір минералды қосындылардың тотығуы есебінен энергия алады. Фотоавтотрофтар энергияны күн сәулесінен алады. Олар күн сәулесін фотосинтетикалық пигменттер көмегі арқылы пайдаланады.
Гетеротрофтар қоректенуіне көміртек пен азоттың көзі болатын органикалық қосындыларды пайдаланады. Олар энергияны органикалық заттарды тотықтыру, ашыту арқылы алады. Оларға шірітіу, ашыту, ауру қоздырғыштары жатады. Гетеротрофтар сапрофиттер мен тоғышарлар болып бөлінеді Сапрофиттер өлі органикалық заттардың органогендерін сіңіреді. Олар табиғатта санитар ролін атқарады, жоғары ферменттік белсенділігі бар. Тоғышарлар иесінің организмінің ішінде немесе беткейінде өмір сүріп, соның есебінен қоректенетін микроорганизмдер.
Тоғышарлар екі топқа бөлінеді:
факультативті тоғышарлар-иесінің организмінің клеткаларында және жасанды ортада ұзақ уақыт өмір сүріп, көбейе алады (пастарелла, сальмонелле т.б.)
абсалютті немесе облигатты тоғышарлар тек тірі клеткаларда ғана өмір сүре алады (вирустар, риккетсиялар).