11-Билет Биологиялық қосымшаларға барынша сәйкес келетін «ақпарат» ұғымының анықтамасын тұжырымдаңыз
т-РНҚ-синтетаза мысалын қолдана отырып, бактерияларда гендердің көлденең берілу мүмкіндіктерін зерттеу
жүктеу/скачать 44,94 Kb.
|
11 20биоинформатика
| 2.т-РНҚ-синтетаза мысалын қолдана отырып, бактерияларда гендердің көлденең берілу мүмкіндіктерін зерттеу
Бұл жұмыстың мақсаты – т-РНҚ-синтетаза мысалын қолдана отырып, бактерияларда гендердің көлденең берілу мүмкіндіктерін зерттеу Т-РНҚ синтетазасының рөлі. Бактериялық т-РНҚ тізбегін таңдау үшін BLAST бағдарламасын қолданыңыз. Таңдалған тізбектер арқылы филогенетикалық ағаш құрастырыңыз. ssu-16s (рибосомалық РНҚ 16s суббірлік тізбегі) арқылы түрлердің филогенетикалық ағашын құрыңыз. Алған ағаштарды салыстырыңыз және олардың ұқсастықтары мен айырмашылықтарын түсіндіріңіз. 6. Берілген қашықтық матрицасын пайдаланып, филогенетикалық ағаш құрыңыз (Neighbor Joining әдісі, UPGMA). Құру процесін сипаттаңыз. 7. Филогенетикалық ағаштарды салудың негізгі алгоритмдері - олардың артықшылықтары мен кемшіліктері. UPGMA және NJ (олардың айырмашылықтары), максималды ықтималдылық, минималды эволюция. 8. Аминқышқылдарының топтары. Аминқышқылдарын эволюциялық және құрылымдық тұрғыдан топтастыру. 9. Ашық оқылатын рамкалар. Оның орналасуы және транскрипциясы. Ашық оқу фреймдерін табу - әдістер. 10. Биоинформатика және филогенез. Молекулалық сағат. Клада, OTU, бұтақ, жапырақ, тамыр. Ультраметриялық және ультраметриялық емес ағаш. Ортологтар, паралогтар, гомологтар, ксенологтар. 11. Фила, таксон, түрлерді анықтау. Түрлер мен гендердің филогенетикалық ағаштары, олардың айырмашылықтары. 12. NJ алгоритмі бойынша салынған филогенетикалық ағашқа оның дұрыстығы туралы болжам жасау үшін қандай сынақ жүргізуге болады. 13. Екі тізбек арасындағы редакторлық арақашықтық. Оны анықтауға арналған алгоритмнің күрделілігі. 14. Берілген: WATER және WINE тізбектері. Скоринг: match- 5, mismatch- -5, бос орын енгізу -1(gap insertion). Туралау кестесін құрыңыз және оның бойымен оған жол табыңыз. 15. Жергілікті туралау, тапсырмалар, мысалдар. 16. Бірнеше туралау. 17. Ақуыздың үшінші құрылымы. Бүктеу. 18. Ақуыздың үшінші құрылымын болжау. Гомологты модельдеу. Әдістер, бағдарламалық жасақтама және қызметтер 19. Ақуыздың үшінші құрылымын болжау. Бүктеу тану. Бағдарламалық жасақтама, қызметтер. 20. Динамикалық бағдарламалау және тізбекті туралау. Іздеуді оңтайландыру әдістері - FASTA, BLAST 21. Ақуыздардың классификациясы. Pfam, SCOPE, CATH мәліметтер базалары 22. NCBI, ENTREZ және BLAST - мақсаты, құралдары, міндеттері. 23. Саңылау енгізу кезіндегі қателіктер, схемалар, айырмашылықтар. 24. Профиль және консенсус. Ұқсастықтары мен айырмашылықтары. 25 Туралау және оның статистикалық маңызы. Bootstrap 26. Докинг - мақсаты мен міндеттері. Қиындықтар. 27. Қатты докинг. Әдістері, қолданылуы. 28. Икемді докинг. 29. Ақуыз құрылымын эксперименттік анықтау. Рентгендік құрылымдық талдау. 30. Ақуыз құрылымдарын эксперименттік анықтау. Ядролық магниттік резонанс. 31. Ақуыз құрылымын эксперименттік анықтау. Алынған құрылымның сапасын бағалау. 32. Hamming distance және Edit distance - айырмашылықтары. 33. GOR әдісі және Chou-Fasman. Олардың қолданылуы. жүктеу/скачать 44,94 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|