Дағдарыс (1745-1755) 1745 жылы Галдан Цэрэн өлгеннен кейін тақ таласы басталады. 1749 жылы Галдан Цэрэннің ұлы Лама Доржы інісі Цэван Доржыдан (Аджа Намджил хан) тақты тартып алады. Оны аталас бауыры Дабачи мен ноян Әмірсана тақтан құлатады, олар да өзара хандыққа ие болғысы келіп, тартыс жүргізіп жатқан. Бұлардың таласының нәтижесінде 1753 жылы дербет пен баят тайпаларын билеген Дабачидің үш туысы Цин әулеті жағына шығып, халха моңғолдар территориясына көшіп кетеді. Келесі жылы Әмірсана әскерден қашып кетеді. 1754 жылы Қашқар билеушісі Юсуф/Жүсіп көтеріліс жасап, сол жердегі жоңғарларды күшпен ислам дініне кіргізеді. Оның Яркенттегі ағасы Жақан қожа да көтеріліске шығады, бірақ Ақсудағы Айып қожаның сатқындығынан жоңғарлардың қолына түседі. Жақанның ұлы Садық Хотанда 7 мың адам жинап, кек алуүшін Ақсуға шабуыл жасайды. 1755 жылдың көктемінде Цяньлун императоры Дабачиге қарсы 50 мың адамнан тұратын армиясын жұмсайды. Олар 100 күннің ішінде Жоңғар хандығын жойып жібереді. Дабачи Ақсудың солтүстігіндегі тауларға қашады, бірақ Үштурфанның бегі Ходжистің қолына түсіп, Цин әулетіне жөнелтіледі.
Әмірсана көтерілісі (1755-1757) Жоңғар хандығы жойылғаннан кейін Цин империясы ойраттың төрт тайпасының әрқайсысына хан қоюды жоспарлайды, бірақ Әмірсана барлық ойраттарға жалғыз өзі билік жүргізгісі келеді. Бұның орнына император Цяньлун оны хойыттардың ғана ханы қылып қоды. Жазда Әмірсана моңғол көсемі Чингунжавпен бірлесіп Цин әулетіне қарсы көтеріліске шығады. Цинді жеңе алмаған Әмірсана пана іздеп орыстарға қашады, осы орыстардың жерінде шешек ауруынан қайтыс болады.
Ақ Тағлық көтерілісі Восстание Ак-Таглика (1757-1759) Әмірсана Цин әулетіне қарсы көтеріліске шыққан кезде, Яркентте Ақ Тағлық Бурхануддин қожа мен Жақан көтеріліс бастайды. 1758 жылғы ақпанда Цин Яэрхашань мен Чжао Хуэйді 10 мың әскермен Ақ Тағлық режиміне қарсы аттандырады. Чжао Хуэй 1759 жылғы қаңтарға дейін Яркентте жау әскерінің қоршауында болады, дегенмен цин әскері жорық кезінде қандай да бір қиыншылыққа ұшыраған жоқ. Ағайынды қожалар Бадахшанға қашады, сол жерде олар билеуші Сұлтан шахтың қолына түсіп, ол оларды жазалап, Жақанның басын Цин әулетіне жолдайды. Қашқар алқабы 1759 жылы тыныштық табады.
Геноцид Цин ғалымы Вэй Юанның (1794-1857) дерегі бойынша цин әулеті жаулап алғанға дейін жоңғар халқы 600 мың адам мен 200 мың үйден тұрған. Вэй Юань жоңғар отбасыларының 40%-ы шешек індетінен өлген, 20%-ы Ресейге немесе қазақ тайпаларының құрамына қашты, ал қалған 30%-ы манчжур ту ұстаушыларымен өлтірілді деп жазады. Вэнь-Дян Чу 600 000 немесе одан да көп жоңғардың 80%-ы аурудан және шабуылдардан қаза тапты деп жазады, оны Майкл Кларк «Жоңғар мемлекетінің ғана емес, сонымен қатар жоңғарлардың халық ретінде толықтай жойылуы» деп сипаттайды. Тарихшы Питер Пердью жоңғарларды жою император Цяньлун бастаған және екі жыл бойы жүргізілген қырып-жою саясатының нәтижесі болды дейді. Соңғы ғылыми қызығушылығы геноцидқа бағытталған тарихшы Марк Левен жоңғарлардың жойылуын «XVIII ғасырдағы ең ауқымды геноцид болуы мүмкін» деген пікір білдіреді. Мұсылман қазақтар мен Қашқар алқабындағы Яркент хандығының бұрынғы тұрғндары (қазіргі ұйғырлар) өздерін құл ретінде ұстаған буддалық жоңғарларға деген көзқарастары нашар болды, цин жорықтарына қатысып, жоңғарларға шабуыл жасап отырды. Қожа Эмин сияқты ұйғыр көсемдері Цин империясы мен мұсылмандар арасында делдал ретінде әрекет етіп, мұсылмандарға Цин империясы тек ойраттарды ғана өлтіреді, мұсылмандарға тиіспейді дейді. Олар мұсылмандарды ойраттарды өлтіруге Цинге көмектесуге иландырады.