Первой формой государственного управления в Башкортостане после присоединения явилась - воеводская система управления. Она вводится с 90-х годов XVI в. В 1590 г. .определяется первый уфимский .воевода Михаил Александрович Нагой.Всего за время существования воеводской системы (до 1708 г.) воеводы назначались 55 раз. Назначались они 1 раз в три года. В подчинении воеводы находился чиновничий аппарат - приказная изба в Уфе: дьяк, подьячие, таможенники, годовальщики, толмачи, переводчики, целовальники. Толмачи выполняли не только функции переводчика, но и юриста - толкователя законов.
Функции воеводы — всеми средствами он должен был поддерживать порядок и спокойствие в крае, отвечал за своевременный и полный сбор ясака, должен был организовать оборону восточных границ. С усилением крепостничества появляются в крае беглые крестьяне — воевода вел борьбу с укрывательством беглых крестьян. Обладал также судебными функциями. Особое место в деятельности уфимских воевод принадлежало военным функциям: формирование военного гарнизона, обеспечение жалованием и провиантом, контроль за жизнью стрельцов. К дипломатическим функциям относились: помощь в принятии кочевых народностей на юго-востоке России в русское подданство, охране границ, обмен пленными.
При назначении на должность каждому воеводе вручался подробный свод инструкций, в котором указывались основные его обязанности и сферы его юрисдикции. После 1649 г. дальнейшее руководство осуществлялось согласно Соборного уложения.
Во главе волостей стояли старосты из башкир. На них опиралась воеводская администрация. В своих волостях они пользовались огромным влиянием и властью. Их функции: оказывали содействие воеводской избе при ясачных, таможенных и других сборах с населения волости, играли решающую роль при распределении земельных угодий, раскладке феодальных повинностей внутри общины, припуске пришлого населения на общинные земли, производили мирские сборы внутри общины, содержали волостную казну, участвовали в шариатских и народных судах. При неограниченной власти было немало злоупотреблений8.
На низшем уровне, в башкирской деревне, административный аппарат отсутствовал. Местная власть главным образом находилась в руках башкирских старшин.
Целью политики русских в регионе было привлечение местных предводителей к сотрудничеству с властями. Одним из способов достижения этой цели было учреждение института тарханства. Поскольку сплошная перепись населения не проводилась, правительство было вынуждено сотрудничать со старшинами в вопросах сбора ясака. Татищев, в особенности, неоднократно предлагал возложить на старшин большую часть обязанностей. Для обеспечения доставки различных налогов в русские административные центры оттуда посылались специальные сборщики налогов, однако эта практика приводила к тому, что часто поступали жалобы на злоупотребления этих чиновников9.
К местным органам власти относятся, кроме власти старшин, народные собрания (йыйыны), где продолжали рассматриваться вопросы общественной жизни. Правительство постепенно ограничивало право башкир собираться на йыйыны. Указом от 1736 разрешались только общебашкирские йыйны на р.Чесноковка близ Уфы под надзором воеводы10.
Постепенное введение в Башкирии регулярного административного устройства являлось составной частью плана по завоеванию этого региона. Кроме системы регулярного административного устройства весьма значительную роль играли специальные комиссии и команды. Они создавались для решения конкретных задач, главным образом военного характера, хотя некоторым из них были присущи и более широкие функции.