Ақуыздарды бөлудің аса перспективалы әдістері (бірқатар физикалық-химиялық қасиеттерді анықтау сияқты) изоэлектрлік фокусирлеу әдісінің – рН градиенті бар қолдаушы ортада (колонкада немесе жұқа қабатта) электрофорез жүргізуге негізделген изотахофорездің әр түрлі нұсқалары болды. Қоспадан жасалған әрбір белоктың колонкасындағы нақты орналасқан жері оның изоэлектрлік нүктесінің мәнімен, яғни осы рН мәні кезінде белок бөлшектерінің жиынтық электр заряды нөлге тең болатын жағдаймен анықталады. Изоэлектрлік фокустау әдісін пайдалану кезінде 3,0-ден 10,0-ге дейінгі диапазонда рН градиентін құру үшін синтетикалық полиаминополикарбон қышқылдарының (амфолиндер) қоспаларын қолданады.
Соңғы жылдары ақуыздарды фракциялау үшін изоэлектрофокусирлеу және полиакриламидті гельдегі диск-электрофорездің әртүрлі үйлесімдері кеңінен таралды-екі өлшемді электрофорез әдістері, олар жүздеген және мыңдаған ақуыз фракцияларын талдайды.
