Ол кезде жалпы күдік, шектен шығу, бұрмалаушылық жағдайында Е. Бекмахановтың бұл жұмысын Кенесары Қасымов бастаған қозғалысты негіздеп, ақтауға тырысқан, оған қарсы саяси айыптаулар жасаған және оны буржуазиялық-ұлтшылдық идеологияның уағыздаушысы деп санайтын рецензенттер болған. Е.Бекмахановтың жұмысы туралы даулар 1947 жылдың екінші жартысында шиеленісе түсті, бірақ ғалым оған негіз болды. 1947-1950 жылдары оның жағдайы өте қиын болды, оған тағылған айыптар күн сайын күшейе түсті, моральдық қысым күшейе түсті. 1951 жылы университеттегі жұмыстан шығарылды, партиядан шығарылды. Қызыл империя оны өзінің кітабында Кенесары Қасымовты халық бостандығы үшін күресте өзінің күш-қуаты мен өмірін берген батыр ретінде сипаттағандығы үшін аяусыз жазалады.