Тілсіз ғалым, Гулаг лагерлерінде бастан өткерген азаптарына қарамастан, қоғамдық мұраға айналған бай ғылыми мұра қалдырды. Оңалудан кейін ол «Қазақстанның Ресейге қосылуы» жұмысын аяқтады, ол ГУЛАГ-қа дейін басталған болатын. А. М. Панкратованың баға жетпес көмегінің арқасында бұл жұмыс 1957 жылы Мәскеудің «Наука» баспасынан 30 баспа беті көлемінде жарық көрді.
Е.Бекмаханов қайтадан қоғамнан лайықты орын алды. Ол бір рет өзі ұйымдастырған бөлімге қайтарылды. 1964 жылы Қазақ КСР Ғылым академиясының корреспондент мүшесі болып сайланды. Өмірінің соңғы 10 жылында ол жемісті жұмыс істеді, терең мағыналы ғылыми еңбектер жазды, соның ішінде орта мектептерге арналған Қазақ КСР тарихы туралы оқулық; жас ғалымдарды даярлауға қатысты. Бүгінде оның шәкірттері ғылым докторлары дәрежесіне жетіп, тәлімгерлерінің ғылыми жұмыстарын жалғастыруда.
Е.Бекмаханов қайтадан қоғамнан лайықты орын алды. Ол бір рет өзі ұйымдастырған бөлімге қайтарылды. 1964 жылы Қазақ КСР Ғылым академиясының корреспондент мүшесі болып сайланды. Өмірінің соңғы 10 жылында ол жемісті жұмыс істеді, терең мағыналы ғылыми еңбектер жазды, соның ішінде орта мектептерге арналған Қазақ КСР тарихы туралы оқулық; жас ғалымдарды даярлауға қатысты. Бүгінде оның шәкірттері ғылым докторлары дәрежесіне жетіп, тәлімгерлерінің ғылыми жұмыстарын жалғастыруда.
Қазақстан егемендік алғаннан кейін Е.Бекмахановтың «ХІХ ғасырдың 20-40-жылдарындағы Қазақстан» атты негізгі еңбегі қалпына келтіріліп, «Қазақ университеті» баспасы (қазіргі Санат) орыс және қазақ тілдерінде басылды.
«Халқымыздың көрнекті тарихшысы Е.Бекмаханов заманның құбылыстарына бағынбады, ол үлкен шығармашылық мұрасы бар нағыз ғалым болды».
«Халқымыздың көрнекті тарихшысы Е.Бекмаханов заманның құбылыстарына бағынбады, ол үлкен шығармашылық мұрасы бар нағыз ғалым болды».