1946-1947 жж. - Е. Бекмаханов - ғылыми жұмыстар жөніндегі орынбасары, Қазақ КСР Ғылым академиясының Тарих, археология және этнография институтының директоры; 1947 жылдан бастап қайтыс болғанға дейін (1966 ж. 6 мамыр) Қазақ мемлекеттік университетінде өзі ұйымдастырған Қазақстан тарихы кафедрасын басқарды.
Е.Бекмахановтың ғылыми мұрасы әсіресе тақырыптардың алуан түрлілігімен, тарихи мәселелердің кең қамтылуымен және оларды шешудің жан-жақты болуымен ерекшеленеді. Өзінің бастамасы 1947 жылы Алматыда орыс тілінде «ХІХ ғасырдың 20-40-жылдарындағы Қазақстан» деген атпен шыққан монография болды. Осы тақырыпта ол докторлық диссертацияны 1946 жылы Мәскеуде қорғады.
