Биоинформатика Зертханалық сабақ 1

жүктеу/скачать 32,88 Kb.

бет	3/4
Дата	14.10.2023
өлшемі	32,88 Kb.
	#113793
түрі	Сабақ

1 2 3 4

Sequences (Тізбектер) (1:2)

CLUSTALW есебінің жоғарғы жағында бір уақытта тек екі ретті салыстыру кезінде бірдей аминқышқылдарының реттілік туралануындағы нақты пайыздарын табасыз. Мысалы, егер сіздің есепте ― Sequences (Тізбектер) (1:2) тураланған. Score: 87,2‖, бұл сіздің файлыңызға сақталған алғашқы екі реттілік тураланған кезде аминқышқылдарының 87,2% екі қатарда да бірдей болғанын білдіреді. Осы пайыздарды кесте форматына тасымалдаңыз, онда сіз реттелген түрлер бағандар мен жолдар үшін тақырыптар болып табылады. Сіздің кестеңіз келесіге ұқсас болуы керек:

1-кесте: α-гемоглобин үшін аминқышқылдарының туралануының пайыздық сәйкестігі

SPECIES	(bat #1 name)	(bat #2 name)	(bird #1 name)	(bird #2 name)	(mammal #1 name)	(mammal #2 name)
(bat #1 name)	100	87.2
(bat#2 Name)		100
(bird #1 name)			100
(bird #2 name)				100
(mammal #1 name)					100
(mammal #2 name)						100

Bat – жарқанат
Bird – құс
Mammal - сүтқоректі

Ақпарат артық болғандықтан, осы кестенің екі жартысын да толтырудың қажеті жоқ екенін ескеріңіз.

Бұл кестеден α-гемоглобин/ β-гемоглобин тізбегі жарқанаттар мен құстар үшін жарқанаттар мен сүтқоректілермен салыстырғанда ұқсастығын көре аласыз ба? Бұл түрлердің эволюциялық байланысы туралы нені білдіреді? Қандай түрлердің бір-бірінен ең соңғы алшақтап кеткен және ең соңғы ортақ арғы тегі бар? Қандай түрлердің бір-бірінен ең ұзақ және ең ежелгі ортақ арғы тегі бар? Бұл ақпараттан сіз жарқанаттардың құстармен немесе сүтқоректілермен тығыз байланысты екенін болжай аласыз.

_______________________________________________________________________
_______________________________________________________________________
_______________________________________________________________________
_______________________________________________________________________

14. Филогенетикалық ағаш 1-кесте сияқты реттілік (тізбектілік) ұқсастық деректері арқылы түрлердің туыстық байланысын ұсына алады. Бұл ағаштар бұтақтармен жақынырақ байланысты түрлерді байланыстырады, ал бұтақтардың ұзындығы олардың эволюциялық қашықтығы болып табылады. Қысқа бұтақтарды жасау үшін ең жүйелі ұқсастықтары бар түрлерді жұптастыру арқылы аминқышқылдарының туралануы туралы есептен филогенетикалық ағашты салуға болады. Тізбектілік ұқсастығы аз түрлер бір-бірінен алысырақ ағашта бұтақтанады.

Есеп пайда болатын беттегі

жүктеу/скачать 32,88 Kb.

Достарыңызбен бөлісу:

1 2 3 4