Митохондрия геномындағы мутациялармен шартты тудыратын

Зерттелетін организмдердің көпшілігінде митохондрияларда тек қана дөңгелек ДНҚ молекулалары болады, кейбір өсімдіктерде дөңгелек және сызықты молекулалар бір уақытта болады, ал бірқатар протисталарда (мысалы, кірпікшелілер ) тек сызықты молекулалар болады.

Сүтқоректілердің митохондрияларында әдетте дөңгелек ДНҚ молекулаларының екі-он бірдей көшірмесі болады.
Өсімдіктерде әрбір митохондрияда рекомбинацияға қабілетті әртүрлі мөлшердегі бірнеше ДНҚ молекулалары болады.
Кинетопласидтік қатардағы протисталарда (мысалы, трипаносомаларда) митохондриялардың арнайы бөлімінде (кинетопласт) ДНҚ молекулаларының екі түрі бар - ұзындығы шамамен 21 кб бірдей макси-сақиналар (20-50 дана). және шағын сақиналар (20 000-55 000 дана, 300-ге жуық сорттар, орташа ұзындығы шамамен 1000 б.б.). Барлық сақиналар бір желіге қосылады (катенендер), ол әрбір репликация циклімен жойылады және қалпына келеді. Максималды сақиналар басқа организмдердің митохондриялық ДНҚ-сына гомолог болып табылады. Әрбір шағын сақина төрт ұқсас сақталған аймақты және төрт бірегей гиперайнымалы аймақты қамтиды. Қысқа бағыттаушы РНҚ молекулалары (гидРНҚ) шағын шеңберлерде кодталған, олар жоғарғы шеңберлердің гендерінен транскрипцияланған РНҚ өңдейді.