Конфликт внутри дома Минамото Напряженность в государстве усугубля лась конфликтом в доме Минамото. Минамото-но Ёсицунэ был 9-м сыном Ёситомо и единокровным братом Ёритомо. До 15 лет он рос и воспитывался в Курама-дэра, недалеко от Хэйан. Потом так же, как и старший брат, он был вынужден бежать и нашел пристанище на севере страны в провинции Муцу в Хираидзуми у Фудзивара-но Хидэхира (род северных Фудзивара или осю Фудзивара, не был связан родственными узами с Фудзивара сэкканкэ, а имел тесные кровные связи с местными северными родами Абэ и Киёхара).
Ёсицунэ выступил на стороне брата в 1180 г. в его борьбе против Тайра-но Киемори, и сразу продемонстрировал недюжинный полководческий талант. Именно тактические решения Ёсицунэ позволили разбить большую по численности армию Тайра, и вынудили последних покинуть столицу. После этой блестящей победы Ёсицунэ стал командующим армии Минамото, и его политическое значение в государстве заметно выросло. Он имел успех при дворе: отрекшийся император Госиракава не скрывал своего к нему расположения и назначил его главой кэбииситё («полицейского правления»), не поставив предварительно в известность бакуфу. Неосторожное согласие Ёсицунэ вызвало недовольство Ёритомо и привело к его замене на должности командующего войсками Минамото другим из братьев, Нориёри. Однако после ряда неудач нового командующего Ёсицунэ вновь получил приказ возглавить войска и блестяще провел сражение при Данноура.
Как ни парадоксально, успех Ёсицунэ разгневал Ёритомо до такой степени, что он даже не допустил брата в Камакура, когда тот собирался доставить туда плененного Тайра-но Мунэмори. Ёсицунэ еще как-то пытался восстановить отношения и направил брату письмо, в котором заверял его в своей преданности и верной службе. Но, как часто бывает, в конфликт вмешалась третья сила, отрекшийся император Госиракава, преследовавший собственные политические интересы. Он приказал Ёсицунэ выступить против «бунтовщика» Ёритомо, спровоцировав, таким образом, открытый конфликт между братьями. В результате, Ёсицунэ былб вынужден бежать, скрываться сначала в горах Ёсино, а потом на севере, в провинции Муцу, у своего давнего покровителя. Любопытно, что во время «войны гэмпэй» (между Минамото и Тайра) Фудзивара-но Хидэхира в Муцу удалось сохранить нейтралитет. Однако, вскоре Хидэхира умер, и дом возглавил его сын Ясухира, который под давлением Ёритомо выступил против Ёсицунэ. В 1189 г. в возрасте 30 лет Минамото-но Ёсицунэ покончил с собой.
Блестящий талант и трагическая судьба сделали Ёсицунэ одним из самых популярных героев средневековой Японии. Его жизнь еще долгое время продолжала оставаться источником разнообразных легенд. Так, например, считалось, что Ёсицунэ после . смерти Хидэхира нашел убежище на «северном острове» (Хоккайдо), потом переправился на континент и появился в Монголии под именем Чингисхана. В XV в. легенды о Ёсицунэ приняли заверше'ннута^рмуБ'тГйк'эйки» («Сказании о Ёсицунэ»).
После того, как Фудзивара-но Ясухира привез голову Ёсицунэ, Ёритомо попытался найти повод для начала военных действий против осю Фудзивара и обратился ко двору за получением приказа о наказании «бунтовщиков», укрывавших от розыска Ёсицунэ. Двор такого разрешения не дал. Отрекшийся император Госиракава, тщетно пытавшийся ослабить Ёритомо, воспользовавшись конфликтом между братьями, все еще надеялся достичь своей цели.
В 1189 г. Ёритомо, так и не получив распоряжения двора, выступил против Фудзивара во главе отряда в 1 тыс. всадников. Ёритомо понадобилось меньше месяца, чтобы подавить сопротивление; его отряд вошел в Хираидзуми — столицу владений Фудзивара — и взял в плен Ясухира. Тогда двору ничего не оставалось, как признать правильность действий Ёритомо. Двор издал указ о наказании Фудзивара. Прекрасный город, созданный тремя поколениями северных Фудзивара, был разрушен, а провинции Муцу и Дэва вошли во владения Минамото-но Ёритомо.