Административная система бакуфу Подобно большей части аристократических семей, дом Минамото имел свою систему управления людьми и землями.
Ее элементами были, во-первых, образованное в 1180 г. самурай докоро, помимо исполнения военных и полицейских функций, ведавшее делами вассалов Минамото — гокэнин; во-вторых, юридическое ведомство монтюдзё, созданное в 1184 г. и занимавшееся судебными делами; и, в-третьих, мандокоро (или кумондзё), созданное в 1190 г. для решения как политических, так и общеадминистративных вопросов. Постепенно эти ведомства одного дома-клана начали работать в более широких, общегосударственных масштабах. Таким образом к концу XII в. были фактически созданы все главные институты управления бакуфу. Кроме того, были созданы ведомства в районах, которые необходимо было держать под постоянным контролем. В императорской столице была учреждена должность Кето сюго (своего рода, военный губернатор Киото), в зону деятельности которого входила не только столица, но и западная часть страны. На Кюсю был назначен тиндзэй бугё. Район, присоединенный после военного похода на север 1189 г. начал управляться с 1195 г. осю собугё. На эти должности назначались наиболее верные вассалы Минамото-но Ёритомо. На уровне провинций исполнение распоряжений бакуфу было в руках сюго, в сёэн — дзито. Однако при этом общегосударственная система управления рицурё отягощенная институтами эпохи инсэй, также сохранилась. Таким образом, власть двора (кугэ сэйкэн) и власть военного сословия (букэ сэйкэн) продолжали существовать параллельно. Обе сложные разветвленные властные структуры поневоле взаимодействовали, поскольку ни одна из них не была в состоянии полностью взять верх. Это вынужденное взаимодействие было одной из характернейших черт первого сёгуната.
Появление института сиккэн гоку После смерти Минамото-но Ёритомо в 1199 Ходзё Токимаса стал регентом (сиккэн, букв. «держатель власти») при Ёрииэ, втором сегуне. Таким образом, внутри высшей власти бакуфу возник аналог дуальной системы императорского правления. В ней также возникли два соправителя, связанных родственными узами по материнской линии; при этом реальное управление осуществлял сиккэн. из дома Ходзё, а сегун из дома Минамото обладал лишь представительскими функциями.
То, что в государстве на первый план выдвинулся незнатный провинциальный род военных, было, видимо, второй знаменательной чертой первого сёгуната. С 1200 г. до последних дней Камакурского бакуфу представители дома Ходзё были главной правящей силой. Можно считать, что основателем дома Ходзё был сам Токимаса: хотя «Адзума кагами" (Восточное зерцало", вторая половина XIII в.) возводил начало рода к Тайра-но Садамори, другие источники этого не подтверждают.
Возвышению рода Ходзё в первую очередь способствовала женитьба Минамото-но Ёритомо на дочери Ходзё Токимаса. Когда после смерти Ёритомо сегуном стал Ёрииэ, он попытался управлять так же, как его отец, но натолкнулся на сопротивление матери и деда. Дело в том, что Ёрииэ был женат на девушке из дома Хики, второго дома верных соратников Ёритомо, и давнее соперничество родов Ходзё и Хики вышло на поверхность.
Дело закончилось уничтожением дома Хики и отстранением и убийством Ёрииэ в 1204 г. Однако борьба на этом не закончилась. Ходзё Токимаса попытался сделать новым сегуном сына второй жены Ёритомо, но этому воспрепятствовали Масако, вдова Ёритомо и ее брат Ёситоки. В результате Токимаса был сослан
в Идзу, а сегуном стал Минамото-но Санэтомо — младший сын Ёритомо. Ёситоки сделался сиккэн. Именно ему удалось укрепить власть бакуфу и покончить на какое-то время с внутренними противоречиями.
Отрекшийся император Готоба был сторонником сотрудничества двух политических центров. Официальной реакции двора на то, что сегуном стал Санэтомо, не последовало, но его женитьба была воспринята с воодушевлением. Жена Санэтомо была дочерью ближайшего к Готоба придворного, что сразу сделало отношения между сегуном и отрекшимся императором очень тесными.
Готоба даже приглашал буси обучать его боевым искусствам, и получил возможность лично (а не через бакуфу} командовать собственными военными отрядами.
Санэтомо тоже вполне удовлетворяло такое тесное единение с императорским двором. В нем гораздо сильнее, чем в отце и брате, проявлялись черты хэйанского аристократа. Он посвятил себя искусствам, особенно поэзии, Кроме того, он придавал значение и получению придворных должностей. В 1218 г. он стал удайдзин — правым министром. Однако радость его была недолгой: в 1219 году во время празднования по этому случаю Санэтомо посетил храм Цуругаока Хатимангу, где и был убит. Он не оставил наследников, и поэтому со смертью третьего сегуна линия Минамото-но Ёритомо прервалась.
За год до гибели Санэтомо, Ходзё Масако и сиккэн Ёситоки были озабочены вопросом выбора сёгунского преемника. Масако, отправившись в паломничество в храмы Кумано, посетила столицу, где заручилась обещанием двора, что следующим сегуном станет сын Готоба. Сам Готоба в то время усматривал в этом большие перспективы, поскольку он мог бы выступать старшим в императорском доме и по отношению к императору, и по отношению к сёгуну, поскольку все они происходили бы из одного императорского рода. Но со смертью Санэтомо обстоятельства резко изменились, и Готоба взял обратно свое обещание. Тогда сегуном сделали мальчика из дома Фудзивара, сына Кудзё Митииэ малолетнего Митора, ставшего 4-м сегуном под именем Ёрицунэ. Между двумя системами власти возникли родственные связи, сохранившиеся до конца первого сёгуната. Из последующих пяти сегунов один был из дома Фудзивара, а остальные — из императорского дома. Все они становились сегунами в детском возрасте, и их меняли, отсылая обратно в Хэйан, как только они достигали 25-30 лет.