Создание тайного совета Значительные разногласия в верхах вызывало определение процедуры принятия будущей конституции. Одни считали, что для этого достаточно одобрения ее императором. Другие, например, лидеры политических партий Итагаки и Ōкума, настаивали на созыве учредительного собрания, которое представляло бы всю страну. Итō Хиробуми принял компромиссное решение, предложив создать для этого тайный совет. Указ о его организации (май 1888 года)гласил:
«Считая целесообразным совещаться с лицами, оказавшими значительные услуги государству, воспользоваться их ценными советами в делах государственных, Мы сочли за благо учредить Наш Тайный совет».
Тайный совет объявлялся высшим совещательным органом при императоре. Его члены назначались непосредственно монархом из представителей высших должностных лиц. Совет состоял из председателя, его заместителя, 12 и более советников и секретарей. При этом все, за исключением секретарей, должны были быть старше 40 лет.
Председателем тайного совета был назначен Итō, который оставил в связи с этим пост премьера. На протяжении полугода тайный совет в обстановке строжайшей секретности обсуждал в императорском дворце подготовленный проект постатейно. Члены совета не имели права выносить бумаги из помещения, где проходили его заседания. Если кто-либо должен был поработать дополнительно, то делал это непременно в присутствии секретаря. Такие меры предосторожности были почерпнуты Канэко из опыта подготовки американской конституции. В результате ни одна ее статья не стала достоянием общественности до официального опубликования всего документа. Император принимал участие во всех заседаниях тайного совета, касавшихся конституции. Нередко он призывал к себе Итō и требовал разъяснений или давал указания по той или иной статье. Подчас император поддерживал предложения меньшинства, если был уверен, что они более соответствуют японским реалиям.
Одновременно с конституцией были подготовлены и комментарии к ней, которые были необходимы для подготовки общества к ее восприятию. Их основным автором был Итō Миёдзи. Они также обсуждались императором и тайным советом. Но при публикации Итō Хиробуми поставил под ними свою подпись, взяв тем самым на себя ответственность за их содержание.